Author: byun1114

GenBank에서 많이 다운받기

제목을 정하기가 좀 어려운데 핵심은 NR_138276.1 이런 식으로 되어 있는 다수의 목록에서 GenBank full format의 파일을 다운로드 받을 수 있는 방법이 있느냐는 것.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#chapter4.EFetch 이 곳에 들어가서 잘 살펴 본다.

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&retmode=text&rettype=gbwithparts&id=NR_138276.1

이런 식으로 주소를 입력하면 발생하는 파일을 저장하면 됨.

2020-02-06
INTERSECT
두 조건을 모두 만족하는 결과를 찾을 때에는 intersect를 사용함. 사용 방식은 다음과 같음.
```
SELECT "PERSON_ID" FROM hemodialysis.person_id1 INTERSECT SELECT "PERSON_ID" FROM hemodialysis.person_id2
```
2020-02-05
postgreSQL

pgAdmin으로 접속
postgresql.conf
connection settings 부분에서
listen_address = ‘*’ 로 수정

pg_hba.conf
#IPV4 connection 부분에서 127.0.0.1 이후 부분을 0.0.0.0/0 로 수정. md5 는 유지

postgres 비빌번호 설정
리눅스 bash 창에서 다음을 입력.
sudo -u postgres psql postgres
psql 로 들어 오면 “\password postgres”

이제 sudo -u postgres psql postgres로 psql 접속할 수 있음.

데이터베이스 목록 조회
psql 접속 후 실행 \list 또는 \l

데이터베이스 연결
psql 접속 후 실행 \connect 데이터베이스명 또는 \c 데이터베이스명

role “root” does not exist 란 오류
createuser 명령어를 실행하여 계정을 생성해준다. PostgresSQL 명령어이다.

2020-02-03
truncate vs. delete vs. drop

건보공단 자료를 다루는 중인데 import 과정에서 오류가 나면 오류를 해결하고 다시 import 과정을 한다. 그런데 오류가 난 테이블은 일단 내용을 삭제하고 다시 import 하는게 안전하다고 생각해서 delete from 을 이용해서 삭제하는데 이게 속도가 너무 느렸다. 그러다가 인터넷에서 검색을 해보았다.

내가 필요한 기준에 의해서 정리해 봄.

delete는 rollback이 가능한 장점이 있음. 선택적으로 삭제 가능.

truncate는 column 구조를 유지하면서 자료를 모두 날림. 회복 불능.

drop은 column 구조를 포함하여 모두 날림. 회복 불능.

2020-02-03