single-cell RNA-seq을 통하여 H3K27M gliomas의 세포들을 따로따로 특성을 구별하여 본 논문. 막대한 비용이 들겠지만, 괜찮은 연구 접근 방법이라고 생각된다.1
예전에 R에서 ordinal regression analysis 결과를 SPSS 처럼 만들어내지 못해서 SPSS이용하여 통계 분석을 하였다. 이번 리비젼 과정에서 SPSS를 사용할 수 없었기 때문에 R에서 ordinal regression analysis를 시도할 수 밖에 없었고, 인터넷을 통하여 거의 같은 결과를 만들어내는데 성공하였다.
우선 MASS패키지를 사용한다. 이 패키지에 포함되어 있는 polr() 함수가 기본적으로 ordinal regression analysis 에 사용하는 함수이다.
AER 패키지를 사용한다. coef()를 통하여 hazard ratio 를 구할 수 있다. coefci()를 통하여 95% 신뢰 구간을 구할 수 있다. coeftest()를 통하여 p.value를 구할 수 있다.
그 동안 KM 분석에서 pairwise 비교 하는 것을 찾을 수 없어서 SPSS를 이용하곤 했다. 인터넷 서핑을 하다가 오늘 R 패키지를 찾았다.
“survminer” 패키지의 “pairwise_survdiff”를 이용하면 되며, 사용법은 survdiff와 동일하다.
병원 진단 포맷에 hyperproliferative IM이라는 항목이 있길래 공부하기 위하여 찾아봄.
Padova classification은 다음과 같음.1
TABLE 1. Gastric dysplasia and related lesions: the Padova classification
1. Negative for dysplasia
1.0 Normal
1.1 Reactive foveolar hyperplasia
1.2 Intestinal metaplasia (IM)
1.2.1 IM Complete type
1.2.2 IM Incomplete type
2. Indefinite for dysplasia
2.1 Foveolar hyperproliferation
2.2 Hyperproliferative IM
3. Non-invasive neoplasia (flat or elevated [synonym adenoma])
3.1 Low-grade
3.2 High-grade
3.2.1 Including suspicious for carcinoma without invasion
(intraglandular)
3.2.2 Including carcinoma without invasion
(intraglandular)
4. Suspicious for invasive carcinoma
5. Invasive adenocarcinoma
본문 중에서 관련된 설명
In such cases “atypical,” tortuous glandular structures are lined by mucus-depleted epithelial cells with large, hyperchromatic nuclei with thickened nuclear membrane and prominent nucleoli. Mitosis may be prominent. A similar situation arises in patients with intestinal metaplasia, usually with incomplete components in which the deep metaplastic glands are closely packed and lined by large irregular cells with large, hyperchromatic nuclei with frequent mitoses. Some glands show elongated and pseudostratified nuclei. Such lesions have been called “hyperplastic” or “hyperproliferative” or “deep” metaplasia.
1.Rugge M, Correa P, Dixon M, et al. Gastric dysplasia: the Padova international classification. Am J Surg Pathol. 2000;24(2):167-176. [PubMed]
