Author: byun1114

  • Install R on CentOS 6.4

    Install R on CentOS 6.4

    Shell 스크립트에 사용에 대한 적응이 도저히 안되어

    그 대안으로 R에서 스트립트를 실행하기 하였다.

    따라서 R을 최소한의 기능만을 사용하기 위한 설치방법임.

    도움말이나 그래프 출력 같은 최소한의 기능조차 뺀 것임.

    CentOS 6.4 LiveCD 이미지로 CentOS 를 설치한 상태에서 진행하는 것임.

    R 홈페이지(http://cran.rstudio.com/)에서

    최신 버젼의 소스 코드를 다운 받는다.

    요즘 CentOS 에서는 Firefox 가 기본 포함이기 때문에 어려움 없이 할 수 있다.

    Terminal 에서 하기 위해서는 

    다운받기 원하는 폴더로 이동 후

    wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz 

    로 다운 받을 수 있다.

    지금부터는 Terminal 화면에서 이루어지는 것임.

    파일을 다운 받은 곳으로 이동 한 후 (설명 생략)

    압축을 풀고 이동한다.

    tar -xf R-3.0.1.tar.gz

    cd R-3.0.1

    R을 설치하기 전에 먼저 설치해야 하는 프로그램을 설치한다.

    편하게 설치해주는 yum 명령어를 사용한다.

    설치에는 root 계정으로 로그인해야 한다.

    su (root 계정으로 로그인하기)

    yum -y install automake autoconf

    yum -y install gcc gcc-c++ gcc-fortran 혹은 yum -y install gcc*

    (후자가 조금 설치되는게 더 많기는 한데 큰 차이 없는 것으로 보임)

    yum -y install readline*

    ./configure –with-x=no

    이 명령을 입력하면 뭔가 길게 쭈욱 지나가는데

    이런 화면이 나오면 성공이다.

    빈 칸이 2군데에서 보이기는 한데 그냥 진행해도 문제 없었다.

    다음과 같이 명령어를 입력하여 계속 진행한다.

    make

    make install

    make install 윗 줄이 make 를 입력하면 나오는 결과이고

    그 아랫줄은 make install 을 입력하면 나오는 결과이다.

    Java 가 없다고 어쩌고 하는데

    없어도 문제 없었다.

    이제 R 을 실행할 수 있다.

  • R on CentOS

    R on CentOS

    어떻게 성공했는지 몰라서

    다시 설치해봐야 하는 놀랍고도 슬픈 사실.

    인터넷 서핑을 통해서 몇몇 강력히 의심가는 부분이 있으니

    다시 설치해 보면서 확인해 보면 될 것 같음.

    X-Window 를 사용하지 않는다면 별로 문제는 없을 것으로 생각됨.

  • 설국열차

    결말이 조금 이상하기는 하지만..

    재미있음. 볼만함.

    먼가 씁쓸한 면도 많이 보이고

  • Spindle Cell Rhabdomyosarcoma

    Spindle Cell Rhabdomyosarcoma

    Reference: Carroll SJ, Nodit L. Spindle Cell Rhabdomyosarcoma: A Brief Diagnostic Review and Differential Diagnosis. Archives of pathology & laboratory medicine. 2013;137(8):1155-8.

    Embryonal rhabdomyosarcoma 의 spindle cell variant 는 다음과 같은 특성이 있음.

    어린 남자아이에서 흔함

    사타구니, 머리, 목에서서 흔함.

    spindle cell 로 구성됨

    연부조직 종양이라는게 드문 편인데, 그 중에서 아이들은 더 드물어서

    이런 종류의 종양이 있다는 것을 기억하는 것이 필요함.


    이 종양의 존재를 모르면

    spindle cell tumor 의 감별 진단에서 가능성을 생각조차 못할 수 있음.

    통상적인 spindle cell tumor 감별을 위한 IHC panel에서

    skeletal muscle 의 분화를 확인하는 MyoD1 이나 Myogenin 은

    빠지는 경우가 종종 있음.

    RMS에서 이 variant 는 어린이의 경우 예후가 좋으며, 어른은 아님