Blog

  • 왜 세계의 절반은 굶주리는가

    왜 세계의 절반은 굶주리는가

    청년의사에서 기증한 책인데

    서울의대 도서관은 여전히 고리타분한 옛 규정때문인지

    관리가 제대로 되어 있지 않는 듯한 느낌…

    수필집 같은거를 별로 안좋아해서 이 책을 골라서 읽어보았다.

    프랑스어로 원래 나왔던 책인데 독일어로 번역된 책을 기준으로 하여

    번역한 책이라고 한다.

    뭐.. 번역이 깔끔하게 되어서 인지 거슬리는 부분은 느끼지 못했다.

    문답 형식으로 본문이 구성되어 있으며,

    전체적으로 연결되는 구성으로 되어 있다.

    기아 문제에 대하여 다루고 있는데

    기아 문제 해결을 위하여 이런 저런 방법과

    관점의 전환

    그리고 인식의 전환등이 필요함을 말해주는 것 같다.

    내용이 평이하게 설명되어 있어,

    학생들을 포함하여 굉장히 쉽게 읽을 수 있다.

    에필로그와 후기에서 다루는 내용이

    본문과 크게 다르지는 않은 것 같은데

    내용을 전재하는 방식에 차이가 있어서 그런지

    훨씬 더 있어 보이는 듯한 느낌이 들었다.

    기아문제에 대하여 학생들이 학교 등에서 발표해야 할 일이 있다면

    참고해도 좋을 그런 내용으로 보인다.

  • 기준점 찾기

    기준점 찾기

    사진 촬영할 때 마다 미묘하게 어긋날 수 있다는 문제를 해결하려면..

    결국 어떤 기준이 되는 점을 정해서 그 점을 기준으로 회전을 하던가 해야할 것이다.

    Optic disc의 중간 쯤 되는 어떤 부위가 가장 좋을 것 같아서

    이 점을 찾는 어떤 알고리즘을 구현하기로 하였다.

    RGB 3개의 색중에서는 Red가 그나마 좀 Optic disc를 표현하는데 적절하지 않을까 생각된다.

    Cut off value 는 기억이 안나는데 아무튼 꽤 높은 cut off value 를 선택해서

    그 이상이 되는 빨간색만 남게 하면 대충 이런 식이 되게 된다.

    우선 optic disc는 기본적으로 타원형의 모양을 하고 있는 것 같다.

    안과 전문의의 옥음에 의하면 모양도 다양하다고는 하지만..

    그런거 일일이 고려하면 끝도 없으니 우선 타원형을 기준으로 하였다.

    Optic disc 이외의 부분에서 굉장히 R값이 높은 부분이 관찰된다.

    하지만, 이런 부분은 그 면적이 작기 때문에

    해당 부분은 고려는 하되, 중요하지는 않도록 처리를 해야한다.

    원점을 기준으로 하는 타원의 공식은 다음과 같다.

    타원 방정식에서 a, b 값에 근사할 만한 수치를 지정해준다.

    타원이 그림 파일을 쭈~욱 훑으면서 움직이게 하면서

    타원 내부에 진한 빨간점이 몇 개인지 혹은 어느 정도인지 평가한다.

    이 방법이라면

    내가 원하는 기준점쯤에서는 타원 내부에 들어가 있는 빨간점들이 가장 많을 것이다.

    나머지는 검색 시간을 줄여주기 위하여 훑어나가는 범위를 줄여주기만 하면 된다.

    내 머리속의 평면 좌표는 (X, Y)로 구성되어 있는데

    Matrix에서는 [Y, X] 로 되어 있어서

    한 참 헷갈린 끝에 적당한 점을 찾는데 성공했다.

    이 방법의 문제가 있다면…

    가장 큰 문제인데..

    거의 흑백에 가깝게 나오는 Red free filter 사진에 적용시키는게 문제라고..

    OTL…

    자.. 다시 시작하자. 😉

  • Molecular Testing Guideline for Selection of Lung Cancer Patients for EGFR and ALK Tyrosine Kinase Inhibitors

    Molecular Testing Guideline for Selection of Lung Cancer Patients for EGFR and ALK Tyrosine Kinase Inhibitors: Guideline from the College of American Pathologists, International Association for the Study of Lung Cancer, and Association for Molecular Pathology

    이런 제목으로 무려 3개의 저널(Arch Pathol Lab Med, J Mol Diagn, J Thorac Oncol)에서 개재된 논문이다.

    전문을 읽어보지는 않았고 대충 요약을 해보면 다음과 같다.

    권고 등급이 서로 다르다는 것을 알고 볼 것.

    Summary of Guideline Recommendations

    Section I: When Should Molecular Testing of Lung Cancers Be Performed?

    검사 꼭 해야함?

    Question 1: Which Patients Should Be Tested for EGFR Mutations and ALK Rearrangements?

    1.1a: Recommendation: EGFR molecular testing should be used to select patients for EGFR-targeted TKI therapy, and patients with lung adenocarcinoma should not be excluded from testing on the basis of clinical characteristics.

    1.1b: Recommendation: ALK molecular testing should be used to select patients for ALK-targeted TKI therapy, and patients with lung adenocarcinoma should not be excluded from testing on the basis of clinical characteristics.

    임상 양상과 상관없이 targeted therapy 를 할 경우에는 할 것.


    1.2: Recommendation: In the setting of lung cancer resection specimens, EGFR and ALK testing is recommended for adenocarcinomas and mixed lung cancers with an adenocarcinoma component, regardless of histologic grade. In the setting of fully excised lung cancer specimens, EGFR and ALK testing is not recommended in lung cancers that lack any adenocarcinoma component, such as pure squamous cell carcinomas, pure small cell carcinomas, or large cell carcinomas lacking any immunohistochemistry (IHC) evidence of adenocarcinoma differentiation.

    ADC 에서 혹은 ADC의 분화의 증거가 있는 분위에서 시행하는 것이 좋겠음.


    1.3: Recommendation: In the setting of more limited lung cancer specimens (biopsies, cytology) where an adenocarcinoma component cannot be completely excluded, EGFR and ALK testing may be performed in cases showing squamous or small cell histology but clinical criteria (eg, young age, lack of smoking history) may be useful in selecting a subset of these samples for testing.

    ADC 의 증거가 명확하지 않은 병리 검체에서는 할 수도 있음.


    1.4: Recommendation: To determine EGFR and ALK status for initial treatment selection, primary tumors or metastatic lesions are equally suitable for testing.

    처음 치료에 있어서 EGFR, ALK 상태를 평가하기 위해서라면 원발 병소나 전이 병소나 상관없음.


    1.5: Expert consensus opinion: For patients with multiple, apparently separate, primary lung denocarcinomas, each tumor may be tested but testing of multiple different areas within a single tumor is not necessary.

    명백하게 떨어진 원발 ADC가 여러개 있을 때, 각각을 검사해 볼 수는 있음. 

    하지만, 한 종양의 여러부위에서 검사할 필요는 없음.

    Question 2: When Should a Patient Specimen Be Tested for EGFR Mutation or ALK Rearrangement?

    언제 검사?

    2.1a: Recommendation: EGFR mutation testing should be ordered at the time of diagnosis for patients presenting with advanced stage disease (stage IV according to the 7th edition TNM staging system) who are suitable for therapy or at time of recurrence or progression in patients who originally presented with lower-stage disease but were not previously tested.

    진행된 병기(Stage IV)에 해당하는 환자가 진단받은 순간에 EGFR 돌연변이 검사를 해봐야함.

    이전에 검사하지 않은 lower stage 환자가 재발하거나 진행하였을 경우.


    2.1b: Suggestion: ALK rearrangement testing should be ordered at the time of diagnosis for patients presenting with advanced stage disease (stage IV according to the 7th edition TNM staging system) who are suitable for therapy or at time of recurrence or progression in patients who originally presented with lower-stage disease but were not previously tested.

    위에꺼랑 같음.


    2.2a: Expert consensus opinion: EGFR testing of tumors at diagnosis from patients presenting with stage I, II, or III disease is encouraged but the decision to do so should be made locally by each laboratory, in collaboration with its oncology team.

    Stage IV 가 아니더라도 각각의 사정에 맞게 시행하면 됨


    2.2b: Expert consensus opinion: ALK testing of tumors at diagnosis from patients presenting with stage I, II, or III disease is encouraged, but the decision to do so should be made locally by each laboratory, in collaboration with its oncology team.

    위에꺼랑 같음.


    2.3: Recommendation: Tissue should be prioritized for EGFR and ALK testing. 

    이 항목은 원문을 찾아봤는데 

    조직학적 분류를 위해서 추가 검사를 시행하지 말고 

    바로 치료를 위한 검사를 할 것을 이야기하고 있음.


    Question 3: How Rapidly Should Test Results Be Available?

    얼마나 결과가 빨리 나와야 하나?


    3.1: Expert consensus opinion: EGFR and ALK results should be available within 2 weeks (10 working days) of receiving the specimen in the testing laboratory.

    접수된지 2주 이내에는 나와야 함.


    3.2: Expert consensus opinion: Laboratories with average turnaround times beyond 2 weeks need to make available a more rapid test—either in-house or through a reference laboratory—in instances of clinical urgency.

    2주 이상이 소요되는 검사실에서는 보다 더 빠른 검사 결과를 위한 방안을 갖추고 있어야 함.


    3.3: Expert consensus opinion: Laboratory departments should establish processes to ensure that specimens that have a final histopathologic diagnosis are sent to outside molecular pathology laboratories within 3 working days of receiving requests and to intramural molecular pathology laboratories within 24 hours.

    별 상관 없는 것 같음. 해석도 잘 못 하겠음.


    Section II: How Should EGFR Testing Be Performed?

    어떻게 검사해야하나?

    Question 4: How Should Specimens Be Processed for EGFR Mutation Testing?

    EGFR 검사를 위해서 어떻게 검체를 처리해야 하나?

    4.1: Expert consensus opinion: Pathologists should use formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) specimens or fresh, frozen, or alcohol-fixed specimens for PCR-based EGFR mutation tests. Other tissue treatments (eg, acidic or heavy metal fixatives, or decalcifying solutions) should be avoided in specimens destined for EGFR testing.

    탈회 과정을 거친 것이 아닌 이상 왠만하면 PCR 기반의 EGFR 돌연변이 검사를 할 수 있음.


    4.2: Expert consensus opinion: Cytologic samples are also suitable for EGFR and ALK testing, with cell blocks being preferred over smear preparations.

    cytology 의 경우도 역시 가능함. smear 보다는 cell block 이 좋겠음.


    Question 5: What Are the Specimen Requirements for EGFR Testing?

    EGFR 검사를 위하여 검체 요구 사항

    5.1: Expert consensus opinion: Pathologists should determine the adequacy of specimens for EGFR testing by assessing cancer cell content and DNA quantity and quality.

    병리 전문가가 DNA 양, 질 및 cancer cell content 에 대해서 결정 해야함.


    5.2: Expert consensus opinion: Each laboratory should establish the minimum proportion and number of cancer cells needed for mutation detection during validation.

    검사실은 최소한의 종양 세포 정도에 대하여 기준을 세워두어야 함.


    5.3: Expert consensus opinion: A pathologist should assess the tumor content of each specimen and either perform, or guide a trained technologist to perform, microdissection for tumor cell enrichment as needed.

    직원 교육 잘 해야함.


    Question 6: How Should EGFR Testing Be Performed?

    어떤 EGFR

    6.1: Recommendation: Laboratories may use any validated EGFR testing method with sufficient performance characteristics.

    6.2: Expert consensus opinion: Laboratories should use EGFR test methods that are able to detect mutations in specimens with at least 50% cancer cell content, although laboratories are strongly encouraged to use (or have available at an external reference laboratory) more sensitive tests that are able to detect mutations in specimens with as little as 10% cancer cells.

    종양 세포의 비율이 50% 이상이 있을 때 돌연변이 여부를 확인할 수 있는 검사를 시행하여야 함.

    가능하다면 10% 이상이 있을 경우에도 찾을 수 있는 예민한 검사 방법을 확보하길 바람.


    6.3: Expert consensus opinion: Clinical EGFR mutation testing should be able to detect all individual mutations that have been reported with a frequency of at least 1% of EGFR-mutated lung adenocarcinomas.

    1% 정도의 빈도로 보도되는 돌연 변이정도는 찾을 수 있어야 함.


    6.4: Recommendation: Immunohistochemistry for total EGFR is not recommended for selection of EGFR TKI therapy.

    EGFR IHC 는 더이상 추천되지 않음.

    6.5: Recommendation: EGFR copy number analysis (ie, FISH or CISH) is not recommended for selection of EGFR TKI therapy.

    EGFR FISH나 CISH 등 copy number analysis 는 추천되지 않음.

    Question 7: What Is the Role of KRAS Analysis in Selecting Patients for Targeted Therapy With EGFR TKIs?

    KRAS는 어떻게 바라볼 것인가?

    7.1: Recommendation: KRAS mutation testing is not recommended as a sole determinant of EGFR TKI therapy.

    KRAS 단독 검사는 추천하지 않음.

    Question 8: What Additional Testing Considerations Are Important in the Setting of Secondary or Acquired EGFR TKI Resistance?

    EGFR TKI 저항성이 있을때.

    8.1: Recommendation: If a laboratory performs testing on specimens from patients with acquired resistance to EGFR kinase inhibitors, such tests should be able to detect the secondary EGFR T790M mutation in as few as 5% of cells.

    이러한 목적으로 바탕으로 검사를 시행할 것이라면 

    T970M 이 5% 이상에서 관찰될 경우 이를 검출할 수 있을 정도로 예민한 검사를 사용하여야 한다.


    Section III: How Should ALK Testing Be Performed?

    ALK는 어떻게?

    Question 9: What methods should be used for ALK testing?

    9.1: Recommendation: Laboratories should use an ALK FISH assay using dual-labeled break-apart probes for selecting patients for ALK TKI therapy; ALK immunohistochemistry, if carefully validated, may be considered as a screening methodology to select specimens for ALK FISH testing.

    BA probe를 사용한 ALK FISH 를 사용하여야 한다.

    잘 세팅된 경우라면 ALK IHC 를 선별 검사 목적으로 이용할 수 있다.


    9.2: Recommendation: RT-PCR is not recommended as an alternative to FISH for selecting patients for ALK inhibitor therapy.

     RT-PCR은 환자군 선택에 있어서 FISH  대안으로 추천되지 않음.

    9.3: Expert consensus opinion: A pathologist should be involved in the selection of sections for ALK FISH testing, by assessing tumor architecture, cytology, and specimen quality.

    병리 전문의가 ALK FISH 과정에 참여할 것


    9.4: Expert consensus opinion: A pathologist should participate in the interpretation of ALK FISH slides, either by performing the analysis directly or by reviewing the interpretations of cytogeneticists or technologists with specialized training in solid tumor FISH analysis.

    직원 교육에 관한 내용


    9.5: Expert consensus opinion: Testing for secondary mutations in ALK associated with acquired resistance to ALK inhibitors is not currently required for clinical management.

    ALK 저항성과 관련된 돌연변이 검사는 아직 추천되지 않음.


    Section IV: Should Other Genes Be Routinely Tested in Lung Adenocarcinoma?

    ADC에서 딴 유전자도 검사해야하나?

    Question 10: Are Other Molecular Markers Suitable for Testing in Lung Cancer?

    10.1a: Recommendation: Testing for EGFR should be prioritized over other molecular markers in lung adenocarcinoma.

    일단 EGFR 부터

    10.1b: Suggestion: After EGFR testing, testing for ALK should be prioritized over other proposed molecular markers in lung adenocarcinoma, for which published evidence is insufficient to support testing guideline development at the present time.

    EGFR 검사 다음엔 ALK 를 할 것. 나머지는 아직 때가 아님.


    Section V: How Should Molecular Testing of Lung Adenocarcinomas Be Implemented and Operationalized?

    Question 11: Must All Adenocarcinomas Be Tested for Both EGFR and ALK?

    ADC는 죄다 검사해야하나?

    11.1: Expert consensus opinion: Laboratories may implement testing algorithms to enhance the efficiency of molecular testing of lung adenocarcinomas, provided the overall turnaround time requirements are met.

    전반적인 효율성을 고려한 알고리즘은 있어야 함.


    Question 12: How Should EGFR and ALK Results Be Reported?

    12.1: Expert consensus opinion: EGFR mutation testing reports and ALK FISH reports should include a results and interpretation section readily understandable by oncologists and by nonspecialist pathologists.

    알아듣기 쉽게 보고서가 쓰여야 함.


    Question 13: How Should EGFR and ALK Testing Be Validated?

    13.1: Expert consensus opinion: EGFR and ALK testing validation should follow the same guidelines as for other molecular diagnostics and FISH tests.

    일반적인 수준의 검증이 필요함.


    Question 14: How Should Quality Assurance Be Maintained?

    14.1: Expert consensus opinion: Laboratories should follow similar quality control and quality assurance policies and procedures for EGFR and ALK testing in lung cancers as for other clinical laboratory assays. In particular, laboratories performing EGFR and ALK testing for TKI therapy should enroll in proficiency testing, if available.

    최소한 옆 동네 수준 정도는 되어야 함.