지금 마지막 마무리 작업 중인 논문에 넣을지 말지 고민하고 있는 Figure 의 내용. 어떤 식으로 그래프를 그려야 좁은 범위에서 직관적이면서도 예쁘고, 그럴듯해 보일까 고민을 하다 Boxplot 을 선택했다. 원래 프로그램에서는 Local southern sizing algorithm 에 의한 것으로 추정은 되지만 확신할 수 없는 어떤 방식에 의하여 상단의 값을 구해주는데, 이 값들은 알 수 없는 이유로 인하여 점점 감소하는 경향을 보이고 있다.
좁은(?) 범위에서 보이는 선형의 경향이라서 그냥 선형회귀분석을 사용하여 보정을 하기는 했는데, 뭘 해도 마음에 쏙들어 오지는 않는다.
보정을 제대로 하기 위해선 바로 이 녀석을 회귀분석 해야한다. 대학교 때 선형회귀분석의 기초만 배웠는데 이런건 도대체 어떻게 해야하는지.. OTL
Virus 에 감염되었을 때의 핵의 변화로 Cowdry type A inclusion 이라는 표현이 있고, 드물게는 Cowdry type B inclusion 이라는 표현도 있다. 인터넷이나 책을 뒤지면 표현에 대한 정의가 조금 더 있기는 한데, 그걸로는 부족하다고 생각해서 공부하다 지쳐 의욕이 상실되었을 때 오늘 오후 4시쯤 그 근원을 찾아보기로 하였다. 🙂
인터넷에서 인용문헌에 Cowdry 가 있는 옛 논문을 찾았다. 구글님에 의하면 Experimental and Molecular Pathology, Vol 23, Issue 2, October 1975, 228-244 실린 “Identity of cowdry type B inclusions and nuclear bodies: Observations in reovirus encephalitis”라는 논문에서 Cowdry 님이 1934년에 쓰셨다는 논문을 확인할 수 있었다. 이 논문은 “The problem of intranucIear inclusions in virus diseases. 이며, Am. J. Pathol, 18, 527-550 이라고 되어 있었다. 이 논문이 학교에서 구독하고 있는지 확인해 보는 과정에서 Am. J. Pathol 이 아닌, Archives of Pathology 저널이라는 것을 확인할 수 있었고, 도서관 지하 1층에서 잠자고 있는 논문을 확인할 수 있었다. 내용은 다음과 같다. 앞 부분을 제대로 읽어보지 않고 해당 부분만 발췌했더니 내용을 잘 모르겠다. 하지만, 전자현미경 염색 과정에 따른 특징으로 분류를 한게 아닌가 하는게 드는 생각임. 병리학적 소견 기술이 상당 부분은 그 밥에 그 나물… 같은 느낌인지라. OTL
Cowdry type A inclusion
The nuclear reaction is total and proceeds
to complete degeneration. The inclusions are amorphous or particulate, but may
be condensed in rounded masses. The ground substance of the entire nucleus is
profoundly disturbed, and all the basophilic chromatic eventually marginates on
the nuclear membrane, except in the case of the salivary gland inclusions in
moles, which are more basophilic than acidophilic. After fixation the material
of which the inclusions are constructed is not easily removed by acetic acid,
alcohol, chloroform and other solvents. It contains little or no masked iron or
thymonucleic acid. Incineration shows that the yellow fever inclusions are
devoid of mineral matter. L.E. and E.J. Rector have found that the same
observation holds for mature herpetic inclusions. In interesting contrast, a
large amount of mineral, especially calcium, occurs in the nucleoli and
basophilic chromatin.
Cowdry type B inclusions
The reaction is localized in the certain
areas of the nucleus, where acidophilic droplets make their appearance. These
often look hyaline and may be of small or large size. The nucleoplasm in which
the inclusions are embedded may not be noticeably altered. Basophilic chromatin
fails to marginate on the nuclear membrane. It may be even accumulate to some
extent on the centrally placed inclusions. The process seldom goes on to
complete nuclear generation, and it is not accompanied by the marked reaction
of tissue frequently but not always present with the type A inclusions. Such
inclusions can be distinguished from nucleoli by: (1) recognition in the same
nucleus of nucleoli stained differently; (2) their range of variation in number
and size; (3) absence in them of detectable amounts of mineral and so on. It is
unsafe to assume that different B inclusions are of similar composition. Their
analysis has not been energetically pushed.
Reference: Archives of Pathology, 1934, Vol 18, 527-542
논문을 보면 이런 식으로 표현하는 figure 들이 있다. 우선 따라할 줄 알아야 독창적으로 만들 수도 있는법. 그래서 비슷하게 만들어 보았다.
평균값이 양수일 때랑 음수일 때랑 따로 색을 지정하는 방법을 찾지 못하여, 양수 따로 음수 따로 그리는 방법을 선택하였다.
가로값이 4200개 정도 되기 때문에 옵션중에서 border 와 space 는 FALSE 로 지정할 필요가 있다.
0을 나타내는 선을 추가로 표현해야 한다.
2번째 부터 같이 표현하기 위하여는 add 옵션을 사용한다.
barplot(dataaver[,8], col=”red”, border=F, space=F, ylab=”Ratio”, ylim=c(-1,1))
barplot(dataaver[,9], col=”blue”, add=T, border=F, space=F)
abline(h=0)
3개의 검체를 대상으로 aCGH 검사를 하였는데, 어떤 값은 다른 값에 없는 경우가 있어서 하나의 테이블로 합치는 것이 어려웠다. 약간의 고민끝에 매우 간단한 방법으로 해결하는데 성공. 🙂