Category: R

AUC 구하기
급하면 코딩이 잘 되는 법이다. AUC를 구해 달라는 연락을 받고 인터넷 서핑을 통하여 해결했다. AUC 구하는 패키지는 많이 있는데, 잘 알려진 pROC 패키지를 이용했다.
```
dt %>% roc('group', 'variable')
plot(roc1, print.auc=T, print.thres=T)
```
해석은 variable이 34.654일 때 sensitivity 0.850, specifity 0.897, AUC 0.927이다.

AUC의 95% 신뢰구간과 p-value는 따로 구한다.
```
ci(roc1) #95% CI
var(ci(roc1)) # p-value
```
2021-05-04
relevel
로지스틱 분석을 하게 되면 기준이 필요하게 된다. 보통은 알파벳이나 숫자 순서대로 첫 번째 항목이 참고치로 설정된다. 이를 변경하고자 할 때에 사용하는 명령어이다. factor인 항목을 대상으로 할 수 있기 때문에, 숫자로 지정된 항목의 경우에는 따옴표를 이용해서 지정하도록 한다.
```
temp$dm = relevel(temp$dm, ref="1")
```
2021-04-26
R Markdown과 TinyTex
리눅스 환경에서 R Markdown을 이용하여 PDF로 저장을 하기 위해서는 기본적으로 tinytex를 설치하게 된다. install.packages(‘tinytex’)로 설치한 이후에는 install_tinytex()로 한 번 더 실행시켜야 한다.
```
> install.packages('tinytex')
> install_tinytex()
```
2021-04-21
Cochran-Armitage test for trend
- 3그룹 이상일 것
- 비율에 대한 자료는 입력값이 2개일 것 (참 vs. 거짓, 0 vs. 1)
- R 패키지는 여러개가 있는 듯 하나 DescTools를 이용할 수 있음. 이 패키지에서 CochranArmitageTest()를 이용하면 분석할 수 있다. 2 x k 분할표 형태로 자료 입력을 해주어야 하는 듯.
- 양측 비교를 하는 것보다 단측 비교를 하는 것이 p-value를 낮추는데 훨씬 유리함.
```
CochranArmitageTest(dose, "increasing")
CochranArmitageTest(dose)
CochranArmitageTest(dose, "decreasing")
```
2021-04-15