연구용 컴퓨터는 운영체제가 Ubuntu Server와 Windows 10 Enterprise이다. Ubuntu의 경우 콘솔 화면 글꼴이 너무 작아서 눈이 아파와서 글꼴을 변경해보기로 했다. 한글 글꼴 깨지는 것도 손봐야 하지만 우선 글자 크기부터 크게 해야했다.
sudo dpkg-reconfigure console-setup인코딩은 UTF8, 그 다음 화면에서는 Guess optimal character set 을 선택한다. 그 다음에서 글꼴을 선택하는데 VGA나 기타 다른 글꼴을 선택한다. 그 다음에 글꼴 크기를 선택한다. 16×32 같은 큰 크기를 선택하면 변경 과정을 거친 후 큰 글씨를 볼 수 있다.
CDM과 관련된 자료를 FTP를 이용해서 수작업으로 업로드해서 백업과 진짜 CDM 서버에 업로드하고 있다. 복사 작업 자체가 손이 많이 가는 것은 아니나 SSH를 이용해서 해당 작업을 하는 것은 그 기간동안 세션을 그대로 유지시켜야 하는 불편함아닌 불편함이 있다. 그래서 rsync를 이용해 보기로 하였다. 기본적인 사용 방법은 인터넷에서 쉽게 찾아볼 수 있다. 공개키와 개인키를 만들었을 경우 공개키를 등록시키면 별다른 옵션 없이도 비밀번호 입력 없이 사용가능했다. 백그라운드에서 동작시킨다면 사실 진행 과정을 보여주는 옵션은 필요없다. 저성능 NUC의 CPU를 기준으로 1Gbps 환경에서는 20MB/s 정도의 속도를 보여준다. 이 말은 100Mbps로 연결되는 환경에서는 CPU 성능에 영향 받지 않고 최대 전송 속도를 낼 수 있는 것을 의미한다.
rsync -a -e 'ssh -p 포트번호' source target여러 옵션이 있으나 백업이 주된 목적이니까 –delete 같은 옵션은 생략할 수 있다. SSH 포트를 변경하였다면 -e 를 이용해서 해당 옵션을 지정하면 된다. source와 target 디렉토리에서 마지막 슬래시 여부에 따라 디렉토리 생성 방식이 다르니까 주의한다.
당연히 신경써야 하는 것이겠으나.. 통상적으로 cron에 root 계정으로 작업을 등록하는 경우가 있는데, ssh 기반으로 작업 예약을 하겠다면 사전에 테스트한 계정으로 동작시켜야 한다.
2022년 10월 13일 추가
공개키를 원격 서버에 등록하면 되는데 간단한 방법을 찾았다.
# cat ~/.ssh/id_rsa.pub | ssh [id@remote address] "cat >> .ssh/authorized keys"Shell script를 이용하여 MD5 checksum 확인하려고 한다. GDC(genomic data center)에서 받은 파일은 십중팔구 TSV 포맷이다.
CSV와는 달리 TSV는 IFS에 읽을 때 $’\t’를 이용한다.
md5sum으로 확인하면 hash 값과 파일 이름이 나오는데 우리는 hash 값만 필요하므로 awk를 이용한다.
#! /bin/bash
INPUT=/home/byun1114/nas/GDC_SVS/gdc_manifest_20200909_050711.txt
while IFS=$'\t' read id filename md5 size state
do
if [ "${id}" != "id" ]; then
md5_check=`md5sum ${filename} | awk '{ print $1 }'`
if [ ${md5_check} = ${md5} ]; then
echo "${filename} is passed"
else
echo "${filename} is not passed"
fi
fi
done < $INPUT
이 방법도 있을 것이고, 모든 파일에 대하여 md5 hash 값을 구한 뒤에 각각을 비교하는 방법도 있을 것 같다.
Linux에서 그림을 자르고 붙이는데 사용하는 많이 이용하는 프로그램은 ImageMagick이라고 한다.
~/magick {원본 파일} -crop [가로크기]x[세로크기]+[시작위치X]+[시작위치Y] +repage {만들 파일}
~/magick a.tif -crop 120x120+0+0 +repage a_1.tif