Category: Linux

  • CellProfiler on Ubuntu

    CellProfiler on Ubuntu

    저널 발표 때 발표할 논문이 Cell Profiler라는 프로그램을 사용한 연구 결과를 보여주고 있어서, 나도 설치해 보았다.

    최신 버젼은 64bit 운영체제에서만 설치가 되는데, 집 컴퓨터에서 사용할 경우 시간의 제약이 너무 크고, 병원 컴퓨터의 경우 운영체제가 지원이 안된다. 그래서 예전에 집에서 사용하던 컴퓨터를 병원에 들고가서 Ubuntu 16.04.1 LTS 버젼을 설치하였다. 그리고 홈페이지에 나와있는 방법을 그대로 참고하여 설치하였다. 결과적으로는 설치는 어렵지 않다.

    윈도우로 사용할 경우 여러 파일을 분석하면 메모리 부족과 관련된 오류가 발생한다는 정보가 있어서, 혹시 리눅스에서 다른 방식으로 반복 실행을 하면 그 문제를 해결할 수 있지 않을까 싶어서 이다. 운영체제 설치와 관련된 비용 부담도 없기도 하고 말이다.

  • ls 명령어

    ls 명령어

    필요한 내용인데 못 외워서 결국 필요한 부분만을 모아서 작성해 두기로 했다.

    ls -ltr

    l은 상세 정보

    t는 파일 갱신 기준

    r은 역순 정렬

  • Port forwarding

    서울대학교에서는 자체 규정에 의하여 몇몇 포트에 대하여 접속을 단방향 혹은 양방향으로 차단하고 있다.

    SSH 에 대하여는 기본 포트인 22번을 외부->내부 접속을 차단하고 있다.

    CentOS에서 SSH 포트 변경에 대하여 한참을 삽질하다가, 결국엔 port forwarding 이라는 간단한 방법으로 통하여 해결하기로 하였다.

    CLI 방식으로 하는 것은 매우 귀찮기 때문에, 이것은 GUI 방식으로 하는게 훨씬 편하다.

  • R 설치하기

    이전에 시도했던 원시적인 방법으로 R을 설치할 수는 있었지만, RStudio Server 를 설치하지 못해서 여러 방법을 검색해보고 시도해보았다. 

    우선 EPEL 을 사용하여야 한다. 귀찮더라도 꼭 EPEL 을 사용할 수 있도록 해야함. 내가 어떻게 했는지 도무지 기억이 나지 않아서 내가 했던 방법에 대한 기록은 남길 수 없었다. ;(

    그 다음에는

    sudo yum -y install R 

    을 사용하여 R을 설치하고,

    http://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

    RStudio 홈페이지에 가서 Redhat/CentOS 항목에 보이는 것처럼 설치하면 된다.