CentOS 를 하나 설치해보기로 하였다.
그래서 Windows 7 을 설치하고 Remote Desktop을 주목적으로 하고 있는 컴퓨터에 설치해보기로 하였다.
https://www.centos.org/
위의 홈페이지에 들어가서 원하는 버젼에 해당하는 이미지 파일을 다운 받는다.
USB에 설치해볼려고 Pendrive 나 ISO2USB 같은 프로그램을 다 시도해 봤는데, 잘 되지를 않아서 결국 CD에 구워서 설치했다.
CentOS 7의 경우는 32bit 버젼은 없는 듯 하니, 설치할 때 경로 지정에서 참고할 일 있으면 64bit를 간주하여 입력하면 될 듯함.
Shell 스크립트에 사용에 대한 적응이 도저히 안되어
그 대안으로 R에서 스트립트를 실행하기 하였다.
따라서 R을 최소한의 기능만을 사용하기 위한 설치방법임.
도움말이나 그래프 출력 같은 최소한의 기능조차 뺀 것임.
CentOS 6.4 LiveCD 이미지로 CentOS 를 설치한 상태에서 진행하는 것임.
R 홈페이지(http://cran.rstudio.com/)에서
최신 버젼의 소스 코드를 다운 받는다.
요즘 CentOS 에서는 Firefox 가 기본 포함이기 때문에 어려움 없이 할 수 있다.
Terminal 에서 하기 위해서는
다운받기 원하는 폴더로 이동 후
wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz
로 다운 받을 수 있다.
지금부터는 Terminal 화면에서 이루어지는 것임.
파일을 다운 받은 곳으로 이동 한 후 (설명 생략)
압축을 풀고 이동한다.
tar -xf R-3.0.1.tar.gz
cd R-3.0.1
R을 설치하기 전에 먼저 설치해야 하는 프로그램을 설치한다.
편하게 설치해주는 yum 명령어를 사용한다.
설치에는 root 계정으로 로그인해야 한다.
su (root 계정으로 로그인하기)
yum -y install automake autoconf
yum -y install gcc gcc-c++ gcc-fortran 혹은 yum -y install gcc*
(후자가 조금 설치되는게 더 많기는 한데 큰 차이 없는 것으로 보임)
yum -y install readline*
./configure –with-x=no
이 명령을 입력하면 뭔가 길게 쭈욱 지나가는데
이런 화면이 나오면 성공이다.
빈 칸이 2군데에서 보이기는 한데 그냥 진행해도 문제 없었다.
다음과 같이 명령어를 입력하여 계속 진행한다.
make
make install
make install 윗 줄이 make 를 입력하면 나오는 결과이고
그 아랫줄은 make install 을 입력하면 나오는 결과이다.
Java 가 없다고 어쩌고 하는데
없어도 문제 없었다.
이제 R 을 실행할 수 있다.
어떻게 성공했는지 몰라서
다시 설치해봐야 하는 놀랍고도 슬픈 사실.
인터넷 서핑을 통해서 몇몇 강력히 의심가는 부분이 있으니
다시 설치해 보면서 확인해 보면 될 것 같음.
X-Window 를 사용하지 않는다면 별로 문제는 없을 것으로 생각됨.
모모씨의 부탁으로 한 번 FreeSurfer 라는 MRI 영상 분석툴을 설치하여 보았다. 설치가 그렇게 어렵지는 않았는데, 이런 류의 프로그램은 설치 뿐만 아니라 익숙해지는 것이 중요한 문제가 될 듯하다.
– 아직 미완성임 (2012.8.27)
<CentOS 다운로드>
홈페이지: http://www.centos.org/
적당한 Mirror 주소에 들어가서 원하는 버젼의 isos – x86_64 폴더로 들어가면 보이는 이미지 파일을 다운 받는다. FTP 프로그램으로 다운을 받아야 중간에 끊어지지 않고 잘 받을 수 있다. LiveCD 이미지로도 충분한 것 같다.
<이미지 파일 굽기>
시디에 구워도 되지만, 대용량 USB를 하나 정도는 가지고 있는 시대의 흐름에 맞추어 USB에 이미지를 설치해도 된다. Ubuntu 때 사용했던 Pendrivelinux (http://www.pendrivelinux.com/) 의 최신 버젼을 다운 받으면 문제없이 CentOS 6.3도 설치 가능하였다.
<CentOS 설치>
특별한 어려움은 없었던 것으로 기억남. 최신 버젼의 Ubuntu 와 CentOS 에서는 특정 폴더에 용량 할당을 자동으로 해주거나 하는 경향이 있는 것 같음. 따라서, 자료의 용량이 늘어날 수록 이 폴더의 사용량이 줄어들어 버리는 문제가 발생하게 됨. CentOS 에서는 기본적으로 홈폴더에 충분한 용량이 할당이 되고 있지 않은 것으로 보임.
따라서, FreeSurfer 홈페이지에서 안내하고 있는 /usr/local 폴더에 설치하는 것이 초심자들에게는 편할 것으로 생각됨. 폴더 생성은 별 문제가 없었던 것 같은데, 파일을 복사할 때 권한 문제가 생기기 때문에 root 계정으로 들어가서 해당 폴더의 권한을 변경하여 주면 된다. GUI 방식이니깐 명령어 같은거 몰라도 전혀 문제 없음.
CentOS 에서는 설치 초기에 root 계정의 비밀번호를 설정해 주는 Ubuntu 와는 다른 특징이 있음.
<FreeSurfer 설치>
홈페이지(http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall) 에 들어가서
Registration: 신청을 하면 약 30분 정도 후에 License 정보가 담긴 메일이 온다. 비용은 무료임/
Download: 마음편하게 CentOS stable 5.1 64bit 버젼으로 다운 받았다. 용량이 크므로 FTP 프로그램으로 안전하게 다운 받는 것을 추천.
Installation & Setup and Configuration:
1. C shell 이나 enhanced C shell 을 권고하고 있으니까 ‘chsh -s /bin/tcsh’ 로 변경하여 버린다.
2. 기본 제공 텍스트 편집기인 gedit Text Editor 를 사용하여 다음의 내용을 담고 있는 파일을 2개 만든다.
2-1. Home 폴더에 ‘.tcshrc’
setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
2-2. FreeSurfer 가 설치된 폴더에 ‘.license’
이메일을 확인하여 보면 뭘 입력해야하는지 친절하게 설명되어 있다.