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Author: byun1114

  • 마션

    마션을 처음 영화로 봤다. 어디서 봤는지는 기억이 나지 않는다. 그 다음번에는 케이블 TV에서 봤다. 또 봐도 재미있다. 그래서 책으로도 보기로 했다. 도서관에서 빌려서 열심히 보는 중이다.

  • LAL test

    현장실사에서 팀장 선생님이 실험용수의 LAL test를 언급했길래 이와 관련된 정보를 찾아보고자 한다.

    엔도톡신 시험 용어(1) BET, LAL, EU
    엔도톡신 시험(Bacterial Endotoxins Test) LAL시약을 이용하여 그람음성균에서 유래되는 엔도톡신을…

    LAL (Limulus Amebocyte Lysate)은 투구게의 혈구추출성분이다. 엔도톡신에 의해 활성화된다. E. coli를 포함한 그람음성균을 검출할 수 있다는 의미이다. 일련의 과정에 의하여 활성도를 측정한다.

    https://m.blog.naver.com/crlkorea/223191383802

    엔도톡신의 단위는 EU (endotoxin unit)를 사용한다.

    LAL은 투구게의 혈액을 이용한다. 채취 과정에서 투구게가 폐사하는 경우가 있다고 한다. 그래서 Factor C에 대한 재조합 단백질(rFC)를 이용하기도 한다.

    의료 장비의 경우에는 0.06 EU/ml 또는 2.15 EU/device 미만의 값을 유지하도록 하고 있다. 상당히 낮아야 한다는 소리다.

    Guidance for Industry: Pyrogen and Endotoxins Testing: Questions and Answers | FDA
    Pharmaceutical Quality/Manufacturing Standards (CGMP)

    3DW 장비 중 한 군데의 홈페이지에서 0.001 EU/ml 의 내용을 보았다. 이 곳이 다른 곳과 차이점이 있다면 표준과 관련된 내용이 있다.ASTM D1193과 ASTM D5196이다.

    Why Ultrapure Water is Essential for Endotoxin Assays
    Ultrapure water is particularly important for analytical analysis, as even small amounts of contaminants, such as endotoxins, can lead to false results. D

    ASTM, ISO, CAP 등의 표준 문서는 유료이다. 공부용으로 구입하기에는 비싸다. 우선 이미지 검색을 해보았다. ISO는 너무 느슨한 기준이라서 적용 못할 것 같다. ASTM D1193-06(2018)의 Type 1이 흔히 말하는 3차 증류수이다. 여기에 EU 단위는 없다. 아래쪽의 Sub-standard 항목에 보면 A 항목이 0.03 EU/ml 미만이다. 0.03 EU/ml 미만이면 충분히 낮은 범위라고 생각해 볼 수 있을 것이다.

    ASTM and ISO Water Quality Standards for Laboratory-Grade Water
    Atlas High Purity Solutions provides a summary explanation of ASTM and ISO water quality standards for laboratory grade water

    다른 3DW 업체의 카탈로그이다. < 0.001 EU/ml 의 기준이 있는 제품들이 있다.

    실제 검출 키트를 찾아본다.

    써모 것은 1 reaction에 대략 1만원 선. 필요한 시약들의 가격은 제외한 것이다. 민감도는 0.01 to 0.1 EU/mL, 0.1 to 1.0 EU/mL 수준이다.

    Pierce™ Chromogenic Endotoxin Quant Kit
    Thermo Scientific Pierce Chromogenic Endotoxin Quant Kit is a highly sensitive endpoint assay that accurately measures and detects endotoxin (lipopolysaccharide) in a protein, peptide, nucleic acid, or antibody sample using the Amebocyte Lysate Assay.

    다른 업체의 경우 0.001까지 측정해 볼 수 있다.

    PYROSTAR™ ES-F Multi-Test
    This multi-test vial is designed to be used with the water bath, heat block or the Toxinometer®. With this configuration, the user dispenses 0.1 mL of dissolved LAL reagent into the appropriate reaction tube, then adding in 0.1 mL of the sample. This multi-test vial is ideal for a user

    이제 마지막으로 1 EU/ml 면 도대체 세균이 몇 개쯤 있다는 소리일까? 아래 자료에 의하면 1 EU는 E. coli LPS 100 pg 정도이며, 약 105 마리 분량이라고 한다. 0.01 EU 면 대략 세균 1마리 정도 될 것이다.

    360058217471-What-is-the-maximum-acceptable-endotoxin-level

    LPS는 그람음성균에 있다. 그렇다면 다른 세균은 어떻게 검사해야 할까? 단핵구나 토끼를 이용한 방법이 있다고 한다.

    Pyrogen Testing
    The pyrogen test measures the pyrogenic load in parenteral products. It is a regulatory requirement for the release of sterile parenteral drugs.
    • LAL test는 오염을 확인할 수 있는 방법 중 하나이다.
    • 그람음성균의 LPS를 측정한다. 다른 세균이라면 다른 방법을 이용해야 한다.
    • 유전자 검사에 있어 적절한 EU 한계치는 못찾았다. 조금 있어도 괜찮을 것이라고 생각하지만, 그것을 증명하는 것은 쉽지 않다.
    • 이게 문제인데, 0.01 EU/ml 을 기준으로 삼는다고 하면, 측정 시약의 검출한도 하한선에 해당한다. 이렇게 측정 한도 하한선에 가까울 경우 정말 정확하게 측정하는 것은 쉽지 않다.

  • WGS84, 두 지점 사이의 거리

    남한 정도의 지형에서라면 굳이 구면 혹은 타원체 두 점 사이의 거리를 이용해야 할 정도는 아닐 것이다. 그럼에도 불구하고 처리 시간이 엄청 바뀌지 않는다면 제대로 측정해 보는 것도 좋을 것이다.

    좌표계 변환에 사용했던 pyproj 의 Geod 를 이용한다. 입력값으로 scalar와 array 모두 가능하다. 그렇다면 편리하게 array 형식으로 한 번에 계산한다.

    geo = pandas.read_csv("area_data.csv")

import pyproj
g = pyproj.Geod(ellps='WGS84')
_,_,dist = g.inv([target_long] * len(geo), 
                 [target_lati] * len(geo), 
                 geo['longitude'],
                 geo['latitude'])
geo['distance'] = dist
geo.sort_values(by='distance', inplace = True)

    결과적으로 보면 이렇게 할 경우 거리는 m 단위로 나오는 것 같다.

  • ASCII

    마션을 보고 있는데 이 표가 있다. 비상시를 대비해서 나도 하나 가지고 있어 본다.