인류가 재산 혹은 이와 유사한 것을 축적하던 시절부터 시작되었을 것 중의 하나인 뇌물. 이 책은 상나라 탕왕의 6가지 자책부터 시작하여 유구한 역사를 지닌 뇌물에 대하여 분석해 보았다. 과거의 뇌물을 이해하기 위해서는 당시 사회상을 이해하는 것이 필요하다는 것을 알려준다. 그리고 뇌물을 억제하기 위하여 어떤 방법을 시도했는지, 그리고 그러한 것의 단점과 한계에 대하여 언급을 한다. 마지막으로는 뇌물을 줄여나가기 위해서는 제도적인 보완뿐만 아니라 사회가 변해야 함을 말한다.
작년쯤에 학위 논문을 위한 연구를 접기 전에 마지막으로 시도해볼까 싶었던 CRIPSR-Cas9. 2015년에는 점점 더 활발한 연구가 이루어져 왔고, 획기적인 부분으로 여겨지고 있다. 이전 실험에서 시도해볼까 말까 고민하다가, 결국 이용하지 않기로 하고 연구를 접었다. 그 때 공부를 한다고 했지만, 개념 정리가 조금 잘 안되었는데, 세미나를 들으면서 개념을 좀 더 잘 잡을 수 있었다. 노가다 시간을 상당히 줄여주지만, 그래도 줄일 수 없는 부분도 있는 듯함.
강의에서 들은 부분을 간단하게 요약하면
Cas9 단백질은 DNA 에 반복적으로 붙었다가 떨어지데, 그 중에서 PAM sequence (GG가 있는)에 결합하여 그 주위의 DNA가 double bond 가 약해지고 열려지게 되어 있음. single guide RNA (sgRNA)가 Cas9 단백질에 결합하면서 (이게 먼저인지 나중에 결합하는지는 모르겠음) 5′ 끝에서 20nt 떨어진 부분부터 5′ 끝까지 하나씩 붙어감. DNA가 거의 perfect match 가 되면 Cas9 의 nuclease domain 이 활성화되면서 DNA가 절단됨.
이 때, NHEJ 와 HR 방법을 이용해서 복원이 이루어짐. 대부분의 진핵 세포에서는 대부분 NHEJ 방법으로 DNA 손상이 수복됨. 즉, 바로 붙여버리는 것임. 원래와 똑같이 붙을 수도 있지만, 일부 DNA가 떨어져 나가면서 복원될 수도 있음. 이 과정이 지속적으로 일어나기 때문에 정상으로 남기보다 비정상적인 부분으로 남을 확률이 커짐. HR 방법은 DNA가 가지고 있는 다른 allele 의 정보를 참고로 하여 (template) 손상된 부위를 복원하는 방법임. 특정 DNA를 넣고 빼기 위해서는 이 방법을 이용해야 하는데, 원래의 정상 template DNA 가 아닌 의도하는 template DNA 가닥을 넣어줌으로써 의도한대로 DNA가 수복되게 하는 것임. HR의 효율이 높이는 것이 하나의 숙제임.
NHEJ 방법으로 deletion 을 유도하더라도 안된 세포들도 있을 수 있기 때문에 extreme dilution 을 한 후 세포를 키워가면서 DNA에 충분한 변화가 왔는지를 확인해 봐야함. 이 부분이 손이 많이 가는 부분이라고 할 수 있음. 해당 DNA 결실을 PCR로 잡아내기 위해서는 충분한 간격을 (대충 100~200bp) 두고 2종류의 sgRNA를 사용하여 deletion 을 유도하면 PCR 로도 충분히 확인할 수 있을 정도의 deletion 을 확인할 수 있음.
Off-target event는 거의 없다고 생각해도 됨. 현재까지는 0.1~0.01% 정도로 생기는 것으로 알려져 있음. Cas9 과 관련된 제품을 파는 회사에서는 이 Specifity를 높이는 것이 하나의 기술이라고 할 수 있음. Off-target event를 최소화 하는 방법으로는 Cas9 단백질와 sgRNA를 여러 vector 나 방법을 이용하여 세포의 DNA로 넣게 하는 방법보다는 sgRNA와 Cas9 단백질을 직접 많이 넣어줌으로써 초기에 확실하게 변화를 유도하는 방법이 좋음.
한 달 정도 지나기는 했지만, 나의 생일을 기념하기 위하여 장인어른께서 주신 축의금으로 붓처스컷에 식사를 하러 갔다. 지난 번 아내 생일 때 서래마을 톰볼라에 가서 숨쉬지도 않고 먹는 것을 후회해서, 이번에는 사진도 찍고 천천히 먹기로 하였는데 그렇게 여유 있게 먹을 수 없었다. 익숙하지 않아서 그런 것 같다.
붓처스컷은 드라이에이징으로 나름 유명한 식당이라고 해서 골라서 가봤다. 원래는 삼청동 쪽으로 알아볼려고 했는데, 요즘에는 집회가 많아서 교통이 밀릴 것 같아 집에서 가기 쉬운 이태원으로 선정하였다. 고기가 짭짤하게 구워지기는 하였으나 상당히 맛있었다. 여기는 스테이크를 시키면 정말로 스테이크만 나오니 필히 추가 요리를 시키는 것이 필요하다. 매장이 최근에 이전을 해서 찾기가 조금 어렵다. 우리은행 맞은편 빨간 발렛 부스가 있는 건물이니, 그것을 기준으로 찾으면 쉬울 것이다.
RStudio 는 기본적으로 2시간을 사용하지 않으면 session 을 닫아버린다. 평소에는 문제가 없지만, 메모리에 많은 자료가 있을 경우에는 다시 로딩하는 시간이 꽤 아깝다. 이럴 경우에는 session 종료 시간을 0으로 하여 사용하지 않도록 설정하면 된다.
메모리가 약간 여유가 있고, 다루고 있는 파일이 메모리에서 차지하는 비중이 크지 않을 경우에 아주 편하다. 나의 경우는 동시에 여러 통계 분석을 하는 경우 여러 계정에서 동시에 진행한다. 그럴 경우 계정 전환시에도 마지막 작업 환경을 그대로 보존할 수 있기 때문에 편함.