paste(c(rep(“High”, 104), rep(“Low”, 104)), collapse = ” “)
GSEA 분석에서는 유전자 발현과 관련된 파일 1개와 표현형에 관한 파일 1개가 필요하다. 후자는 CLS 라는 확장자를 사용하도록 되어 있고, 그 구성 방식에 대해서는 홈페이지에서 찾을 수 있다. CLS 파일 포맷 중 3번째 파일은 표현형에 관하여 1개의 구절로 표시하도록 되어 있고, R에서는 paste(, collapse = ” “)를 사용해서 할 수 있다.
a = “ATGAATAAGGGCTG…GCGCCAGTGA”
b = strsplit(a, “\n”)
for (X in 1:length(b[[1]])){
if (X == 1) X1 = b[[1]][X]
if (X >= 2) X1 = paste(X1, b[[1]][X], sep=””)
}
substr(X1, 1770, 1780)
CCDS 에서 찾고자 하는 유전자의 coding sequence 를 확보한 후에, 특정 위치의 아미노산이 어디쯤 있는지 찾아보는 편한 방법을 생각해 보았다.
새로 이직하는 곳은 인터넷 보안이 꽤 빡빡하다. 교육 때 리눅스 컴퓨터 사용에 대한 문의를 하였다.
이런 2가지 옵션이 있었고, 2번의 방법을 사용하기로 하였다. linux 에 추가 네트웍 카드 설치에 대한 제한점은 없는 것으로 판단하였다. 그래서 별도의 mirror 서버를 구축하여 일정 주기로 업데이트 하는 방법을 선택하는 것이 좋을 것 같았다. 구글링과 [1] CRAN 공식 홈페이지 [2] 를 통하여 미러 서버를 구축중에 있다.
http://freesearch.pe.kr/archives/3913
자료 재검토를 위하여 3년전에 작성한 R 스크립트를 확인하고, R 스트립트가 없는 부분은 다시 그 과정을 복원 중에 있다. 이 과정에서 다시금 깨닫고 있는 중요한 내용.
일단 항상 자료는 백업해 놓아야 한다. 이메일 같은 경우는 요즘엔 GB 단위의 저장 용량을 제공하고 있다. 굳이 지우지 말아야 할 내용이 아닌 이상 남겨두는 것이 좋다. 다만, 대용량 첨부 파일로 인한 용량 낭비에 대해서는 상황에 따른 고려가 필요하다.
R 스크립트는 최대한 이해하기 쉽도록 작성한다. 직관적으로 구성된 것이 아니면, 나중에 이해하는데 많은 시간이 소요된다. 발표 자료를 만들 경우에는 비상시를 대비하여 분석 스크립트 부분도 포함시켜서 화면 저장을 한다.