R 에서 Heatmap을 작성할 때 기본적으로 사용되는 Clustering 방법은 “complete” 인 것 같다. “~인 것 같다”라고 한 이유는 여러개를 해보았을 때 가장 똑같았기 때문이라는 거..ㅡㅡ;; 그렇기 때문에 다른 방식으로 Clustering 을 하기 위해서는 이 부분을 설정값을 변경을 해주어야 한다. 이번에는 기본 도움말 파일에서는 찾지 못하고 삽질한 끝에 인터넷에서 찾을 수가 있었다.
heatmap 명령어에서 hclust 에 관한 부분을 지정하는 방법은 hclustfun=XXX 이런 식이다. 따라서 새로운 함수를 만들어주면 되는 것 같다. 함수를 만드는 방법도 친절하게 가르쳐 주고 있었다.
my.hclust <- function(x) {hclust(x, method=”ward”)}
이런 식으로하면 my.hclust 함수를 ward method를 사용한 hclust 함수로 사용하도록 할 수 있다.
heatmap(… , hclustfun=my.hclust)
이제 이런식으로 입력하면 ward method를 사용한 heatmap 을 볼 수 있게 된다.
다음번으로 시도할 부분은 원본 파일에서 자료를 새로운 Matrix로 복사시켜서 Heatmap 및 Dendrogram 그리는 것이다. 원본 파일에서 필요할 때마다 변경해서 쓰면 번거로울 테니 꼭 알아두어야 할 부분이다.
딱히 아는 것도 없이 배울려고 하니 힘들다. 🙁
