Next-Generation Sequencing to Diagnose Suspected Genetic Disorders1
임상에서 NGS 도입과 관련된 review 기사임. 종양 부분이 없다는게 아쉬움.
1.
Adams D, Eng C. Next-Generation Sequencing to Diagnose Suspected Genetic Disorders. N Engl J Med. 2018;379(14):1353-1362. [PubMed]
Blog
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Widespread intronic polyadenylation inactivates tumour suppressor genes in leukaemia1
CLL 환자에서 한 연구. intron 영역의 polyadenylation 이 mRNA 발현에 영향을 주어 truncated mRNA 발현이 증가하였음. 그리고 이러한 mRNA 들이 tumor suppressor gene 의 역할을 억제하는 효과가 있음. 유전자 발현을 조절하는 기전의 새로운 발견.
1.Lee S, Singh I, Tisdale S, Abdel-Wahab O, Leslie C, Mayr C. Widespread intronic polyadenylation inactivates tumour suppressor genes in leukaemia. Nature. 2018;561(7721):127-131. [PubMed] -
The biology and treatment of Merkel cell carcinoma: current understanding and research priorities 1
Merkel cell polyomavirus라는게 있었구나. 이번에 이 논문에서 그것의 존재를 알게 된 것이 가장 큰 수확인 듯.
1.Harms P, Harms K, Moore P, et al. The biology and treatment of Merkel cell carcinoma: current understanding and research priorities. Nat Rev Clin Oncol. October 2018. [PubMed] -
Logistic
어제 들은 R 통계강좌가 유익해서 기록으로 남김.
로지스틱의 의미는 모른다고 할지라도 로지스틱 회귀 분석을 해야할 경우가 있다. 이변량 자료에 대한 로지스틱 회귀분석은 분류(classification) 문제이기 때문에 실제로 같은 취급을 받는다고 한다.
선형회귀분석은 lm() 함수를 이용하지만, 로지스틱 회귀분석은 glm()을 이용한다. 그 중에서 이변량 자료를 분석하기 위해서는 glm( , family = binomial) 을 이용하면 된다.
모델 최적화를 위해서는 step( ) 을 95% 신뢰 구간의 오즈를 구하기 위해서는 confint( )를, 오즈비를 구하기 위해서는 exp(confint( )) 을 이용한다.
나이가 1살 증가할 때마다 오즈가 변하는 것을 a라고 한다면, 10살 증가할 때의 오즈비는 exp(10*a)가 된다고 함.
나머지 변수를 모두 포함시키는 분석을 위해서는 glm ( ~. ) 이렇게 물결표시 다음에 ‘.’ 을 입력하면 된다.
분석 변수가 지나치게 많아서 오류가 난다면, glm( ,maxit = ) 에서 큰 숫자를 입력해준다.