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  • Forest plot

    Forest plot

    (그림 파일은 영문 wikipedia 에서 사용된 것임)

    meta 연구에서 주로 사용된다고 알려진 forest plot.

    그런데 이 plot 은  다변량 분석을 시행한 연구에서도 쓰는 것을 보았다. 통계 분석에 사용된 각종 통계 인자들을 정리하는 것도 table 하나를 차지하니까, 그것을 이렇게 plot 으로 그려도 좋겠다는 생각이 든다. 

    heatmap 을 사용한 논문을 시도하겠다는 처음의 시도는 성공했으니까,

    다음의 목표는 바로 이 forest plot 이다.

    Satoh T, Xu RH, Chung HC, Sun GP, Doi T, Xu JM, et al. Lapatinib Plus Paclitaxel Versus Paclitaxel Alone in the Second-Line Treatment of HER2-Amplified Advanced Gastric Cancer in Asian Populations: TyTAN-A Randomized, Phase III Study. J Clin Oncol. 2014;32(19):2039-49.

  • 여자 위암

    여자 위암

    위암 연구에 있어서 남자와 여자로 구분만 해도 상당한 효과의 차이가 난다는 내용임. 그 동안 성별을 하나의 factor 로 여겨서 통계 분석을 시도하였는데, 성별을 따로 분류해서 통계를 실행해도 될지도 모른다는 느낌.

    Reference: Wang L, Jiao Y, Jiao Y, Cao Y, Gu W. Gastric cancer drug trials-are women second class citizens? Nat Rev Clin Oncol. 2014;11(7):438.

  • 생존기간

    생존기간

    여러 논문을 찾아본 결과, 2007년 Punt 의 논문이 대장암 연구에서 사용되는 각종 survival time 에 대한 정의를 내려놓은 것을 찾을 수 있었다. 이 방식을 다른 암종에도 적용할 수 있는 것은 아니겠지만, 참고할 수는 있으니 꼭 알아두어야 할 논문이라고 할 수 있을 듯 하다. 이 외에 유방암에 대하여 정의해둔 논문이 있기는 한데(J Clin Oncol. 2007;25(15):2127-32.), 이 논문은 내가 쓸 일은 없을 듯 하니 이 번에는 생략함.

    DFS의 경우 좀 유의할 만한 점은 다른 암이 생겼거나 다른 이유로 죽어도 모두 event 로 정의한 다는 것이다. 상당히 의외의 부분이었음. 생존 분석을 할 때에 굉장히 구체적으로 자료를 미리 정해두는 것의 필요성을 알게 해주었음.

    Reference: Punt CJ, Buyse M, Kohne CH, Hohenberger P, Labianca R, Schmoll HJ, et al. Endpoints in adjuvant treatment trials: a systematic review of the literature in colon cancer and proposed definitions for future trials. J Natl Cancer Inst. 2007;99(13):998-1003.

  • Survival plot

    Survival plot

    보통 이럴 때에는 후달린다는 표현을 쓰는데…

    결국엔 만들 수 있었다. 수 많은 옵션을 사용하면 되기는 되네. 😉

    스크립트는 나중에 수정한 것을 썼기 때문에, 사진 파일과 다르다. ㅋ

    cex.figure <- 1.7

    lwd.figure <- 6

    par(mai=c(1.5, 1.5, 0.5, 0.5), family=”Arial”)

    plot(survfit(figure.surv), col=c(“blue”, “red”),  ylim=y.lim, conf.int = FALSE, xlab=x.label, ylab=y.label, lty=1, lwd=lwd.figure, mark.time=TRUE, mgp=c(3.5, 1, 0), cex.lab=cex.figure, font.axis=1, font.lab=2, axes=F)

    axis(side=1, las=1, lwd=lwd.figure, cex.axis=cex.figure)

    axis(side=2, las=1, lwd=lwd.figure, cex.axis=cex.figure)

    text(10, 0.02, expression(italic(P), ”   = .042″), adj=c(0, 0), cex=cex.figure)

    legend(100, 0.2, c(“Retained”, “Loss or weak”), col=c(“blue”, “red”), lty=c(1, 1), xjust=1, yjust=1, bty=”n”, cex=cex.figure, lwd=c(rep(lwd.figure, 2)))