공부하거나 찾아볼 내용
1. RNA 추출 후 측정하는 RIN 값이란?
2. Quality Control 을 위한 Primer 의 sequence 와 Primer를 제작하거나 구할 수 있는 곳.
3. 사용할 수 있는 PCR 장비?
가능하면 Roche에서 나온 LifeCycler 제품으로…
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RNA and FFPE
파파핀 블럭 그러니깐 흔히 FFPE 라고 말하는 조직에서 RNA를 추출하게 된 지는 그렇게 오래 지나지 않았다. 그거는 별로 중요하지 않고 아무튼 Study를 계속 진행하기 위해서는 이 FFPE에서 RNA를 추출해야 하는데 일반적인 Protocol 로 할 경우 왠만하면 잘 된다는 연구가 있었다. 아무리 안나오더라도 3번 정도 시도하면 나온다는 그런 내용도 있었다.
All protocols extracted RNA from ten year old FFPE samples with a minimum RIN of 1.4. Gene expression of G6PD could be measured in all samples, old and recent, using RT-PCR primers designed for RNA fragments up to 151 bp.
(Reference: Ribeiro-Silva A, Zhang H, Jeffrey SS. RNA extraction from ten year old formalin-fixed paraffin-embedded breast cancer samples: a comparison of column purification and magnetic bead-based technologies. BMC Mol Biol 2007; 8: 118.)이제 다음 단계는 추출이 잘 되었는지 평가를 하기 위한 RT-PCR 과정이다. ㅡ_ㅡ;; 다시 공부하기 시작해야지.
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Prostate 12 core biopsy
굳이 외울 필요까지는 없지만 알아두면 요긴한 그림. 육안 검사할 때 같이 생검 결과와 같이 보면서 하면 쬐끔 도움이 되기는 한다. 하지만 전립선 조직은 다 슬라이드를 만들어버리기 때문에 ㅡㅡ;;
Reference: Philip J, Ragavan N, Desouza J, Foster CS, Javle P. Effect of peripheral biopsies in maximising early prostate cancer detection in 8-, 10- or 12-core biopsy regimens. BJU Int 2004; 93: 1218-20.