R에서 for 등의 방법으로 반복적으로 함수를 실행하는 경우 오류가 나는 경우가 있게 된다. 이런 오류는 사전에 예측이 되는 경우도 있지만, 예측할 수 없는 경우도 있다. 오류가 있더라도 전체 자료 분석을 위하여 계속 분석 알고리즘을 실행하여야 하는 경우 발생 가능한 부분이 있는 곳을 try() 함수로 넣어준다. 결과 생성물을 이용하여 추가 분석을 하는 방식이라면 오류가 발생했는지 여부를 한 번 더 확인해주는 과정을 거치면 됨.
Author: byun1114
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Windows 10을 사용하면 linux를 설치하여 사용할 수 있다. Windows store에서 linux로 검색을 한 후 원하는 종류를 선택하면 설치 가능함. 대부분의 경우 처음 실행시키면 오류가 발생하는데 오류화면에서 보이는 링크를 따라가서 시키는대로 입력을 한 후 재부팅을 하면 마저 진행시킬 수 있음.
R과 RStudio server 를 설치해서 로컬이나 원격에서 접속하여 실행시킬 수도 있다. 한 번 실행후에는 백그라운드로 ubuntu가 실행되기 때문에 종료 후에도 사용할 수 있다. 하지만, 부팅을 하고 난 후에는 ubuntu를 실행시키기 전에는 실행이 안된다.
이 문제 해결을 위해서는 .profile 에 sudo service rstudio-server start 를 입력하고 sudo 명령어시에 암호를 안물어보도록 설정하면 될 듯. 다만 아직 windows 실행할 때마다 ubuntu를 실행하게끔 하는 방법은 못 알아냄.
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Local BLAST
alignment는 포기하고 일일이 구하는 것이 좋겠다고 판단하였음. 우선 방법을 알아보는 중 Local BLAST 서버를 구축하여 확인하는 방법이 있음을 알게 되었음. 일단은 linux 버젼으로 구축해보기로 함. 유명한 인터넷 블로거이신 Mad Scientist 님의 블로그의 방법을 이용함.
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 여기에 들어가서 linux용 버젼인 ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz 파일을 다운 받은 후 압축을 풀면 됨. 하위 폴더 bin내에 실행 명령어들이 있음.
연구 목적에 맞는 DB를 찾아야 함. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/targetedloci/ 로 들어가서 ITS project의 curation process 부분을 클릭함. Data Access로 하단의 FTP를 클릭함. 내용물은 파일 1개인데, 열어보면 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/TargetedLoci/Fungi/ 로 들어가라고 함. 들어가보면 ITS 이름이 2개 들어간 파일이 있는데 FNA 확장자와 GBFF 확장자가 있음. 각각의 특징은 모르지만 FNA 파일만 있어도 결과를 만들어줌. DB 파일을 다운 받은 후 사용할 수 있는 DB로 만들어주는 과정이 필요함.
./makeblastdb -in fungi.ITS.fna -dbtype nucl./blastn -query ~/blast/1-1.fasta -db ~/blast/db/fungi.ITS.fna
정말 빠른 속도로 검색이 됨. -
Actively personalized vaccination trial for newly diagnosed glioblastoma
종양 백신에 대하여 아는바는 없다. 대충 첫 문단을 읽어보면 GBM은 면역 치료의 예측 인자 중 하나인 TMB가 낮은 종양이다. 그리고 그로 인하여 면역 치료가 효과가 없다. 따라서, 면역 치료에 반응 잘 할 것으로 보이는 항체를 만들어서 넣어주는 것 같다.