alignment는 포기하고 일일이 구하는 것이 좋겠다고 판단하였음. 우선 방법을 알아보는 중 Local BLAST 서버를 구축하여 확인하는 방법이 있음을 알게 되었음. 일단은 linux 버젼으로 구축해보기로 함. 유명한 인터넷 블로거이신 Mad Scientist 님의 블로그의 방법을 이용함.
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 여기에 들어가서 linux용 버젼인 ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz 파일을 다운 받은 후 압축을 풀면 됨. 하위 폴더 bin내에 실행 명령어들이 있음.
연구 목적에 맞는 DB를 찾아야 함. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/targetedloci/ 로 들어가서 ITS project의 curation process 부분을 클릭함. Data Access로 하단의 FTP를 클릭함. 내용물은 파일 1개인데, 열어보면 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/TargetedLoci/Fungi/ 로 들어가라고 함. 들어가보면 ITS 이름이 2개 들어간 파일이 있는데 FNA 확장자와 GBFF 확장자가 있음. 각각의 특징은 모르지만 FNA 파일만 있어도 결과를 만들어줌. DB 파일을 다운 받은 후 사용할 수 있는 DB로 만들어주는 과정이 필요함.
./makeblastdb -in fungi.ITS.fna -dbtype nucl
./blastn -query ~/blast/1-1.fasta -db ~/blast/db/fungi.ITS.fna
정말 빠른 속도로 검색이 됨.