Ubuntu 호환으로 Lubuntu가 있다는 것을 알게 되었다. GUI 환경을 LXDE라는 것을 사용하는데 구형 컴퓨터에서도 잘 돌아갈 정도로 경량화시킨 버젼이라고 한다. 그래서 nuc를 lubuntu로 바꾸어 주기로 하였다. 재설치 하기에는 너무나도 귀찮았기 때문이다.
sudo apt install lubuntu-desktop 을 한다.
재부팅을 해도 아마 화면은 바뀌지 않았을 것이다.
/etc/lightdm/lightdm.conf
이 파일을 수정해 준다.
user-session=LXDE.desktop
저장하고 재부팅하면 적용되는 것을 알 수 있다.
출처: http://goodtogreate.tistory.com/entry/Ubuntu-1404-이전-GUI로-변경-VMware-Unity-활성화 [GOOD to GREAT]
R에서 운영체제의 명령어를 실행시키는 명령어는 system() 이다. ubuntu를 사용할 때에는 불편함이 없었는데, windows 상에서는 명령어가 실행되지 않는 문제가 있었다. 구글에서 찾아보니 system() 명령어는 shell 기반이기 때문에 그런다고 한다. 시간이 걸리기는 했지만 편하게 적용하기 위한 방법은 “cmd.exe” 와 input 을 사용하는 것이다.
system(“cmd.exe”, input=paste())
지난주에 ubuntu 컴퓨터를 업데이트만 하고 재부팅을 안하고 4~5일 정도 방치했더니 무엇인가 설정이 꼬인 것 같다. 해결할려고 해보았으나 너무 어려워서 재설치를 하였다. Dropbox 안정화에 또 하루가 소요되었다. 그래서 이번에는 이 컴퓨터에도 하루에 한 번씩 업데이트 이후 재부팅이 되도록 해두었다.
병리 슬라이드를 이미지를 분석을 하기 위해서는 우선 유리에 올려진 조직을 스캔을 해야한다. 그런데 이렇게 스캔한 이미지 파일은 꽤 용량이 크다. x20 대물렌즈를 사용하는 일반적인 목적의 스캔에서 500GB 내외 혹은 이 보다 큰 크기를 가진다. 그래서 병리 조직 이미지 파일을 분석을 하려면, 슬라이드 스캔한 파일을 작은 크기로 변환해서 하는 방법을 일반적으로 사용하는 것 같다. 작년 AMC에서 발표했던 논문을 다시 찾아서 확인해보니 bftools 를 사용했고, 1000×1000 크기가 되도록 설정했다고 한다. 논문의 Table을 참고하면 하나의 스캔한 파일에서 약 5000개쯤 나오는 것 같다.
bftools 를 다운로드 받으려면 openmicroscopy.org 에 들어가면 된다. Bio-Formats 로 들어가서 Command Lint Tools 를 받으면 됨. 이 파일을 풀어서 bfconvert 를 실행시킨다 (./bfconver)
실행에 필요한 옵션은 ./bfconvert -option 으로 볼 수 있는데, 이 것보다는 홈페이지에서 User Information 을 찾고 Converting a file to different format 항목을 살펴보아야 한다. 이것을 보아야 1000×1000 으로 나누는 방법을 알 수 있다. -tilex 크기 -tiley 크기 이 옵션이 필요하다.
bfconvert 실행에 꼭 필요한 파일은 4개인 것 같다(bfconvert, bf.sh, config.sh, bioformats_package.jar). jar 파일을 실행시키기 위해서는 Java 가 필요함. 설치가 되어 있지 않다면 기본적으로 sudo apt install default-jre 로 설치 가능함.
일단 예제를 참고하여 다음과 같은 식으로 명령을 입력하면 파일 변환 및 분할이 시작된다.
./bfconvert -tilex 1000 -tiley 1000 a.svs a_%x_%y_%m.tiff