병리 슬라이드를 이미지를 분석을 하기 위해서는 우선 유리에 올려진 조직을 스캔을 해야한다. 그런데 이렇게 스캔한 이미지 파일은 꽤 용량이 크다. x20 대물렌즈를 사용하는 일반적인 목적의 스캔에서 500GB 내외 혹은 이 보다 큰 크기를 가진다. 그래서 병리 조직 이미지 파일을 분석을 하려면, 슬라이드 스캔한 파일을 작은 크기로 변환해서 하는 방법을 일반적으로 사용하는 것 같다. 작년 AMC에서 발표했던 논문을 다시 찾아서 확인해보니 bftools 를 사용했고, 1000×1000 크기가 되도록 설정했다고 한다. 논문의 Table을 참고하면 하나의 스캔한 파일에서 약 5000개쯤 나오는 것 같다.
bftools 를 다운로드 받으려면 openmicroscopy.org 에 들어가면 된다. Bio-Formats 로 들어가서 Command Lint Tools 를 받으면 됨. 이 파일을 풀어서 bfconvert 를 실행시킨다 (./bfconver)
실행에 필요한 옵션은 ./bfconvert -option 으로 볼 수 있는데, 이 것보다는 홈페이지에서 User Information 을 찾고 Converting a file to different format 항목을 살펴보아야 한다. 이것을 보아야 1000×1000 으로 나누는 방법을 알 수 있다. -tilex 크기 -tiley 크기 이 옵션이 필요하다.
bfconvert 실행에 꼭 필요한 파일은 4개인 것 같다(bfconvert, bf.sh, config.sh, bioformats_package.jar). jar 파일을 실행시키기 위해서는 Java 가 필요함. 설치가 되어 있지 않다면 기본적으로 sudo apt install default-jre 로 설치 가능함.
일단 예제를 참고하여 다음과 같은 식으로 명령을 입력하면 파일 변환 및 분할이 시작된다.
./bfconvert -tilex 1000 -tiley 1000 a.svs a_%x_%y_%m.tiff
Leave a Reply