Category: R

sprintf

자리숫에 맞춰서 0 붙여줄 때 쓰는 방법. 특히 반올림되어서 나타나는 결과를 취급할 때 용이함.

> sprintf(“%.3f”, e)

[1] “2.718”

출처: http://rfriend.tistory.com/341 [R, Python 분석과 프로그래밍 (by R Friend)]

2017-12-14
function 과 NULL
이전에 R에서 함수를 지정할 때 값이 입력하지 않아도 진행이 되도록 할 때에 missing 을 이용하면 된다고 기록을 했다. 그런데 최근에 사용해 보니까 missing 보다는 NULL을 이용하는 것이 오류가 적게 생긴다.
```
function(, OUTPUT.OPTION = NULL){
if (is.null(OUTPUT.OPTION)) {"SCREEN" = OUTPUT.OPTION}
```
2017-12-01
R에서 운영체제의 명령어를 실행시키는 명령어는 system() 이다. ubuntu를 사용할 때에는 불편함이 없었는데, windows 상에서는 명령어가 실행되지 않는 문제가 있었다. 구글에서 찾아보니 system() 명령어는 shell 기반이기 때문에 그런다고 한다. 시간이 걸리기는 했지만 편하게 적용하기 위한 방법은 “cmd.exe” 와 input 을 사용하는 것이다.
system(“cmd.exe”, input=paste())

2017-07-26
GSEA 에서 CLS 파일 만들기

paste(c(rep(“High”, 104), rep(“Low”, 104)), collapse = ” “)

GSEA 분석에서는 유전자 발현과 관련된 파일 1개와 표현형에 관한 파일 1개가 필요하다. 후자는 CLS 라는 확장자를 사용하도록 되어 있고, 그 구성 방식에 대해서는 홈페이지에서 찾을 수 있다. CLS 파일 포맷 중 3번째 파일은 표현형에 관하여 1개의 구절로 표시하도록 되어 있고, R에서는 paste(, collapse = ” “)를 사용해서 할 수 있다.

2017-05-22