WeLoveDoctor

Category: 03_Study

  • Discordance Between Conclusions Stated in the Abstract and Conclusions in the Article: Analysis of Published Randomized Controlled Trials of Systemic Therapy in Lung Cancer

    Purpose Clinicians may read only the abstract of an article to keep abreast of newly published randomized controlled trials (RCTs). However, discordances have been noticed in summary conclusions in the abstracts and the main body of some articles. This article evaluated such discordances in detail.

    Methods RCTs of systemic therapy for lung cancer published between 2004 and 2009 were considered. Conclusions in the body of the articles and those in the abstracts were graded by using a 7-point Likert scale; 1 for strong endorsement of the control arm, 4 for a neutral statement, and 7 for strong endorsement of the experimental arm. Conclusions were classified as discordant if the difference in scores was ≥ 2. χ2 tests and logistic regression were used to identify factors associated with discordance.

    Results From among 114 eligible RCTs identified (90 for non–small-cell and 24 for small-cell lung cancer), 11 (10%) articles presented discordant conclusions in the abstract and in the body of the articles. Discordance was most common when the experimental arm was strongly supported in the abstract but not in the body of the article (nine of 11; 82%); however, the converse was much less common (two of 11; 18%; P < .001). Intraclass correlations for the two reviewers were ≥ 0.9. The discordances were found to be independent of trial-related factors.

    Conclusion Conclusive statements in the abstract can differ from those in the full text. Clinicians should use caution when they consider making changes in their practice on the basis of reading only the abstract of a published RCT.

    Reference: http://jco.ascopubs.org/content/early/2012/05/29/JCO.2012.41.8319

    메일 서비스를 받아보는 JCO 에서 이런 글이 있는 것을 보게 되었다. 대부분의 사람이 그렇겠지만, 논문을 고를 때에는 제목을 보고 마음에 다는 주제를 다루는 것 같으면 초록을 보고, 괜찮다 싶으면 본문을 볼 것이다. 폐암에 관한 논문들 중 RCT 를 대상으로만 하였을 때 약 10% 에서 초록과 본문의 결론이 다르다고 한다. 특히, 실험군이 좋은 결과를 보일 때 잘 나타난다고 한다. 최근 경향이나 정보를 얻기 위한 논문을 살펴 보기 위함이라면 초록만 봐도 시간 절약의 측면에서 나쁘지는 않다고 생각하지만, 중요한 결정에 영향을 미치는 것이라면 논문을 꼼꼼히 읽어봐야겠다는 생각이 들었다.

    이 논문의 볼거리라고 한다면.. 

    1. 정작 논문의 인용 논문의 숫자는 114개에 훨씬 못미치고 있음.

    2. 많은 논문이 실린 저널에서 많은 불일치 논문이 나타나는 것은 아니었음. NEJM은 6개중 0개, JCO는 42개 중 2개, JNCI는 4개중 1개 이런 식임.

    3. Overall survival 이 특히 잘 불일치함.

  • Heterogeneity of Triple-Negative Breast Cancer

    Heterogeneity of Triple-Negative Breast Cancer

    Fig 1. Heterogeneities in the nomenclature and classification of triple-negative
    breast cancer. EGFR, epidermal growth factor receptor; ER, estrogen receptor;
    HER2, human epidermal growth factor receptor 2; PR, progesterone receptor.

    오랜만에 파일을 보려고 하니 눈에 들어오지는 않고, 이 삼중음성 유방암의 애매한 밴다이어그램만 눈에 들어온다. 

    Reference: Metzger-Filho O, Tutt A, de Azambuja E, Saini KS, Viale G, Loi S, et al. Dissecting the Heterogeneity of Triple-Negative Breast Cancer. J Clin Oncol. 2012. Epub 2012/03/29.

  • Transcriptome sequencing (RNA-seq)

    사실 이 분야는 잘 모른다. 처음 접한 것은 아마도 작년 초 USCAP 강연일 것이다. NIH 에서 소아 solid tumor 에서 whole genome sequencing 과 whole exon sequencing 을 한다고 들었던 것 같다. 지난 대한암학회 workshop 에서 관련 내용이 잠깐 나왔고, 이번 microarray workshop 에서도 역시 잠깐 나왔다. 훈련소 문제 때문에 신청하지는 못했지만 Genome Data Analysis workshop 에서도 관련 내용이 있는 것과 점점 관련 소식이 나오는 빈도가 증가하고 있는 것으로 보면, 짐작컨데 2012년에는 상당히 많은 관련 논문이 나올 것으로 보인다.

    그 동안 알려지지 않은 종양을 일으킬 수 있는 돌연변이를 찾을 수 있을 것 같다.
    다른 종양에 비해 증가되어 있는 혹은 활성화된 molecular pathway 를 찾을 수 있을 것 같다.
    파라핀 조직에서 추출한 DNA로는 표적 치료와 관련된 단백질의 돌연변이를 찾는데 어려움이 있을 수 있는데, 그런 제약에서는 조금 자유로울 것으로 보인다. 

    기존의 연구 방법과 비교하여 보았을 때 상당히 멋져 보이는 것 같지만, 그에 따른 단점도 있어 보인다.

    임상의들이 검사 과정을 이해하는 것은 어려워 보인다. 

    한 번 검사를 시행하면 상당히 대용량의 자료가 나오는 것으로 보이며, 이를 해석하는데에도 역시 상당한 규모의 컴퓨터 자원이 필요한 것 같다. 사실 컴퓨터 자원보다도 중요한 것은 검사에 대한 해석 및 이 과정을 다룰 수 있는 인적 자원이다. 초기에는 인적 자원의 문제가 있을 수 있다면, 검사를 하면 할 수록 컴퓨터 자원에 대한 문제가 발생할 것으로 생각된다.

    샘플에서 종양이 차지하고 있는 정도가 양질의 결과를 만들어내는데 중요한 역할을 한다.

    비교적 이른 시일내로 활성화 될 분야로 생각되는 만큼 이를 대비한 준비가 필요하지 않을련지… 

  • 2012 Microarray analysis workshop

    2012 Microarray analysis workshop

    그 동안 내가 자료를 사용하고 있기는 했지만, 제대로 배우지 못한 그래서 내가 시도하는 방법이 완전히 틀린 것은 아니지만, 맞다고는 도저히 할 수 없는 상황이었다. 훈련소 입대를 앞두고 실컷 놀아야 한다고 주위에서 말을 하는 와중에도 이 수업은 꼭 듣고 싶어서 신청을 하고 오늘 첫 수업을 들었다. 3일간 15만원이니까 절대로 저렴한 것은 아니다. 아는 내용이 많이 나와서, 그리고 주로 접하는 Affymetrix 제품은 single channel 자료라서 시큰둥하고 있을 무렵, 실습 수업이 나오길 시작했다. 그리고 실습 수업이 절반 이상이 지나가던 무렵 신세상을 발견하고 말았다.

    역시 제대로 된 강사에서 제대로 배워야 한다는 것을 느끼게 해주었다고나 할까..

    Microarray 자료 분석을 시도해야 하는데 주위에서 알고 있는 사람이 없을 경우 이와 유사한 강좌가 있으면 반드시 들어야 한다고 말해주고 싶다. 돈과 시간이 아깝지 않다.

    첫 날 수업의 평가는..

    1. 교수님 2분이 3강좌를 해주셨는데, 다 잘 하셨음.

    2. 실습 조교 선생님들.. 조금 Freeze 상태. 그래도 이론적 배경만 그랬지, 실습 내용을 말하실 때는 잘 하시더라. 🙂

    iPod Touch 에 GPS 를 연동시켜 보고자 열심히 노력했지만 잘 안되던.. 그렇지만 처분하기에는 아까워서 그냥 들고 다니던 GPS 수신기. 대충 요긴하게 쓰는 방법을 알겠다. 홈페이지에서 제공한 지도도 알기 쉬웠지만 이런 지도가 더 잘 와닿기 마련.