당연하다면 당연한 내용이지만, p16을 사용하면 CIN2 이상의 병변 진단에 정확도를 높일 수 있다는 내용임.1
삼성서울병원에서 전이성 위암 환자들을 대상으로 2차 혹은 3차 치료로 Pembrolizumab을 사용한 환자들의 반응에 대한 분석을 nature medicine에 발표하였다.1 EBV와 MSI 에서 좋은 반응을 보여주었고, ctDNA가 감소량과 예후가 상관이 있음을 보여주었다.
위암 TCGA 연구 발표 전후로 하여 EBV와 MSI는 서로 구별되는 독특한 유전적 특징이 있는 것이 밝혀졌다. 이 두 타입이 좋은 예후와 관련이 있을 것이라는 것은 그보다 전부터 알려졌다. 이제는 이 두 타입에서는 효과적인 치료를 할 수 있는 방법이 제시되었다. 하지만, EBV와 MSI를 합쳐봐야 약 20% 정도에 지나지 않는다. 아직도 위암에 대한 효과적인 치료 방법은 더 연구되어져야 할 필요가 있다.
GDC에서 TCGA 파일을 GDC data tool 을 이용해서 다운을 받으면, 파일명과 UUID를 알 수 있게 된다. 이 과정에서 manifest 파일을 얻을 수 있고, 이 파일을 열어보면 파일명과 UUID가 있다. 문제가 있다면, UUID에서 증례 번호를 직접 다운 받기가 꽤 까다롭다는 것. 수작업으로 하나씩 확인을 하는 방법도 있지만, API를 이용하면 조금은 더 용이하게 할 수 있다.
https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Search_and_Retrieval/
이 링크를 따라 들어가서, 하단에 보면
https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Search_and_Retrieval/#example-http-post-request
이 예시가 있다.
value 아랫줄에 보면 여러개의 목록이 있는데, 여기가 UUID에 해당하는 부분이다. 원래 다운 받은 manifest 파일에서 UUID 목록을 같은 양식으로 만들어서 바꾼다. 그리고 하단의 “size”에 UUID 갯수에 맞춰서 수정을 해준다.
파일 파일을 payload.txt 로 저장한 다음 위와 같은 명령어를 리눅스 쉘에서 입력을 하면, 원하는 정보가 있는 파일을 다운받을 수 있다.
Metformin이 fibrosis를 억제한다는 논문들이 찾아보니 조금 있었다. 이 논문은 그 중의 하나.1