이 논문에서 가장 흥미로운 사실은
micropapillary urothelial carcinoma 에서
ERBB2 유전자의 extracellular domain 에
돌연변이가 자주 관찰되는 것이 아니다.
FFPE 조직을 대상으로 하여 NGS 를 시행한 것이다.
슬라이드 상에서 종양 세포의 비율이 20%를 넘어가는 곳에서
추출했다고는 하는데…
사실 FFPE 상태가 더 궁금한 1인.
Reference: Ross JS, Wang K, Gay LM, Al-Rohil RN, Nazeer T, Sheehan CE, et al. A High Frequency of Activating Extracellular Domain ERBB2 (HER2) Mutation in Micropapillary Urothelial Carcinoma. Clin Cancer Res. 2013.
위암 표적 치료와 관련된
현재 진행 중인 혹은 최근의 Phase III trial 목록
Phase III 라 그런지 듣보잡인 약 이름은 안보인다는게 다행.
아직 Phase III 에 진입하지 못한 것들이 있을 수는 있겠지만
그 만큼 진입하기 힘들다는 것을 반영하는 거겠지.
Reference: Shah MA. Gastrointestinal cancer: Targeted therapies in gastric cancer-the dawn of a new era. Nat Rev Clin Oncol. 2014;11(1):10-1.
Transfer buffer 가 있을 줄 알고 Running 을 시작했는데
전화해서 물어보니 아직 도착을 안했다고..
그래서 그 동안 확인하고 싶었던 것 중 하나인
180V 에서 running 을 시행하여 보았다.
장시간 running 을 하면 marker 가 흐릿하게 보여서
이리 비춰보고 저리 비춰보고 해야
marker 위치를 확인할 수 있다.
이런 약간 귀찮은 일을 하는 이유는
내가 관심있는 단백질의 분자량이 289kDa 으로
SDS-PAGE를 시행하기엔 약간 고분자량이고,
marker 의 가장 큰 분자량이 245kDa 이기 때문이다.
대충 단백질이 어디쯤 있을지 알아야
Gel 혹은 membrane을 자를 수 있기 때문이다.
통상 western blotting 에서 단백질 분자량 추정은
Log(Mr) vs. Rf plot 을 그려서 확인할 수 있다고 한다.
한 축에는 분자량에 Log 값을 그리고,
다른 한 쪽에 이동거리를 기록하면 된다.
이렇게 marker 를 기준으로 plot 을 그렸을 때,
중간 부분은 선형 관계에 가깝게 나오며,
분자량이 작거나 큰 단백질의 경우에는 선형의 관계가 아닌
S(sigmoid) 모양이 그려지게 된다고 한다.
일일이 따지고 들어가면 수습 안되니까
추정이 편하게 선형 관계로 가정하고
수식을 구하면 된다.
자료 값이 선형관계에 있다고 할 때
엑셀에서는 2가지 방법으로 추세선을 확인할 수 있는데,
최소자승법으로 구해주는 함수는
SLOPE 와 INTERCEPT 임.
Canada 의 Saskatchewan 지방의 retrospective study 연구 결과임.
Stage IV 의 colorectal cancer 환자에서
폐색이나 출혈 등의 이유로 인한 것이 아닌
원발 종양의 절제가 좋은 예후 인자가 될 수 있음을 보여주고 있음.
이 연구를 일반화시키기에는 아직 더 많은 연구 결과가 필요할 것 같음.
Reference: Ahmed S, Leis A, Fields A, et al. Survival impact of surgical resection of primary tumor in patients with stage IV colorectal cancer: Results from a large population-based cohort study. Cancer 2013.