Author: byun1114

  • Untangling the role of mutant histone H3 in diffuse intrinsic pontine glioma

     

    AMC나 SMC에서는 1년에 1번 정도 저널 발표를 하게 된다. 저널 발표 때 논문을 고르는 것은 AMC와 SMC가 조금 다르기는 하다. 하지만, 자유 주제인 것은 마찬가지이다. 저널 발표 때 많은 내용을 말해봐야 남는게 없기 때문에, 최대한 중요한 내용을 전달하는데 목적을 두고 논문을 고르는데, 이전에 골랐던 논문은 실험 내용이 너무 어려웠다. Diffuse midline glioma 의 pathogenesis 와 관련된 Nature Medicine 의 News를 보고, 논문을 골랐다. [1]  그런데 발표를 준비하려고 논문을 보는데 실험이 너무 어려웠다. 내가 이해하기도 힘들고, 짧게 요약할 자신이 없어서 다른 논문을 선정하여 발표 준비 중이다. 이 논문도 먼저 제목을 보고 선정한 것이 아니라, Nature Reviews Clinical Oncology의 News를 보고 선정한 것이다. [2] 이 논문은 내용이 어렵지가 않고, 중요한 개념을 하나 다루고 있기 때문에 사람들에게 도움이 될 것이라고 생각한다.

    1.
    Creasy C. Untangling the role of mutant histone H3 in diffuse intrinsic pontine glioma. Nat Med. 2017 Apr 7;23(4):413–4. [PubMed]
    2.
    Zhao D, Lu X, Wang G, Lan Z, Liao W, Li J, et al. Synthetic essentiality of chromatin remodelling factor CHD1 in PTEN-deficient cancer. Nature. 2017 Feb 23;542(7642):484–8. [PubMed]
  • GSEA 에서 CLS 파일 만들기

    paste(c(rep(“High”, 104), rep(“Low”, 104)), collapse = ” “)

    GSEA 분석에서는 유전자 발현과 관련된 파일 1개와 표현형에 관한 파일 1개가 필요하다. 후자는 CLS 라는 확장자를 사용하도록 되어 있고, 그 구성 방식에 대해서는 홈페이지에서 찾을 수 있다. CLS 파일 포맷 중 3번째 파일은 표현형에 관하여 1개의 구절로 표시하도록 되어 있고, R에서는 paste(, collapse = ” “)를 사용해서 할 수 있다.

  • Untangling the role of mutant histone H3 in diffuse intrinsic pontine glioma

    올해 저널 발표에서 이 글에서 언급된 논문 2개를 정리해 보는 것을 고려해 볼 수 있겠음. [1]

    1.
    Creasy C. Untangling the role of mutant histone H3 in diffuse intrinsic pontine glioma. Nat Med. 2017 Apr 7;23(4):413–4. [PubMed]
  • Histopathologic Features of Colitis Due to Immunotherapy With Anti-PD-1 Antibodies

    Immune check point drug 가 널리 사용되고 있다. 그리고 그에 따른 부작용(adverse drug reaction)이 있으며, 그 중에 하나라고 할 수 있는 장염의 조직학적 소견에 관한 논문을 찾았다. 초록에서 필요한 부분을 발췌하였음.[1]

    • The most common pattern of injury observed (5/8 cases) was an active
      colitis with neutrophilic crypt microabscesses and with prominent
      crypt epithelial cell apoptosis and crypt atrophy/dropout.
    • The remainder of cases (3/8) showed a lymphocytic colitis-like pattern, characterized by increased intraepithelial lymphocytes and surface epithelial injury. Apoptosis was also often increased in these cases but crypt atrophy/dropout was not present.
    • In patients who experienced recurrence of anti-PD-1 colitis, histologic features were similar to the initial insult but, in addition, features of chronicity developed that mimicked inflammatory bowel disease (basal
      lymphoplasmacytosis and crypt architectural irregularity, and
      Paneth cell metaplasia in 1 case).
    1.
    Chen J, Pezhouh M, Lauwers G, Masia R. Histopathologic Features of Colitis Due to Immunotherapy With Anti-PD-1 Antibodies. Am J Surg Pathol. 2017 May 1;41(5):643–54. [PubMed]