Category: Linux

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이미 포맷 되어 있는 경우임.
fdisk –l 로 대충 추가한 장치 확인
blkid로 해당 장치의 UUID 확인

/etc/fstab 수정
UUID=*** /data(연결할폴더) ext4 defaults 1 2

APT::Periodic::Update-Package-Lists "0"; 
APT::Periodic::Download-Upgradeable-Packages "0"; APT::Periodic::AutocleanInterval "0"; APT::Periodic::Unattended-Upgrade "0";

/etc/apt/apt.conf.d/10periodic 의 해당 항목을 0으로 변경해 주면 됨.

Windows 10을 사용하면 linux를 설치하여 사용할 수 있다. Windows store에서 linux로 검색을 한 후 원하는 종류를 선택하면 설치 가능함. 대부분의 경우 처음 실행시키면 오류가 발생하는데 오류화면에서 보이는 링크를 따라가서 시키는대로 입력을 한 후 재부팅을 하면 마저 진행시킬 수 있음.

R과 RStudio server 를 설치해서 로컬이나 원격에서 접속하여 실행시킬 수도 있다. 한 번 실행후에는 백그라운드로 ubuntu가 실행되기 때문에 종료 후에도 사용할 수 있다. 하지만, 부팅을 하고 난 후에는 ubuntu를 실행시키기 전에는 실행이 안된다.

이 문제 해결을 위해서는 .profile 에 sudo service rstudio-server start 를 입력하고 sudo 명령어시에 암호를 안물어보도록 설정하면 될 듯. 다만 아직 windows 실행할 때마다 ubuntu를 실행하게끔 하는 방법은 못 알아냄.

alignment는 포기하고 일일이 구하는 것이 좋겠다고 판단하였음. 우선 방법을 알아보는 중 Local BLAST 서버를 구축하여 확인하는 방법이 있음을 알게 되었음. 일단은 linux 버젼으로 구축해보기로 함. 유명한 인터넷 블로거이신 Mad Scientist 님의 블로그의 방법을 이용함.

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 여기에 들어가서 linux용 버젼인 ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz 파일을 다운 받은 후 압축을 풀면 됨. 하위 폴더 bin내에 실행 명령어들이 있음.

연구 목적에 맞는 DB를 찾아야 함. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/targetedloci/ 로 들어가서 ITS project의 curation process 부분을 클릭함. Data Access로 하단의 FTP를 클릭함. 내용물은 파일 1개인데, 열어보면 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/TargetedLoci/Fungi/ 로 들어가라고 함. 들어가보면 ITS 이름이 2개 들어간 파일이 있는데 FNA 확장자와 GBFF 확장자가 있음. 각각의 특징은 모르지만 FNA 파일만 있어도 결과를 만들어줌. DB 파일을 다운 받은 후 사용할 수 있는 DB로 만들어주는 과정이 필요함.
./makeblastdb -in fungi.ITS.fna -dbtype nucl

./blastn -query ~/blast/1-1.fasta -db ~/blast/db/fungi.ITS.fna
정말 빠른 속도로 검색이 됨.