Category: Study

단백질 농도 측정

동그란 점은 Standard reagent 이고,

십자 모양은 추출한 Protein.

내가 뽑은거는 농도가 너무 낮았다.

새로 키워서 걸쭉하게 단백질을 뽑을 수 있도록 해야겠다. ㅠㅠ

2013-10-07

TCGA Data Level

ata Level	Level Type	Description
1	Raw	Low-level data for single sample Not normalized
2	Processed	Normalized single sample data Interpreted for presence or absence of specific molecular abnormalities
3	Segmented/ Interpreted	Aggregate of processed data from single sample Grouped by probed loci to form larger contiguous regions (in some cases)
4	Summary/Regions of Interest (ROI)	Quantified association across classes of samples Associations based on two or more Molecular abnormalities Sample characteristics Clinical variables

TCGA 자료에서 Data Level 에 관한 부분.

Spindle Cell Rhabdomyosarcoma

Reference: Carroll SJ, Nodit L. Spindle Cell Rhabdomyosarcoma: A Brief Diagnostic Review and Differential Diagnosis. Archives of pathology & laboratory medicine. 2013;137(8):1155-8.

Embryonal rhabdomyosarcoma 의 spindle cell variant 는 다음과 같은 특성이 있음.

어린 남자아이에서 흔함

사타구니, 머리, 목에서서 흔함.

spindle cell 로 구성됨

연부조직 종양이라는게 드문 편인데, 그 중에서 아이들은 더 드물어서

이런 종류의 종양이 있다는 것을 기억하는 것이 필요함.

이 종양의 존재를 모르면

spindle cell tumor 의 감별 진단에서 가능성을 생각조차 못할 수 있음.

통상적인 spindle cell tumor 감별을 위한 IHC panel에서

skeletal muscle 의 분화를 확인하는 MyoD1 이나 Myogenin 은

빠지는 경우가 종종 있음.

RMS에서 이 variant 는 어린이의 경우 예후가 좋으며, 어른은 아님

2013-08-01
Hirschsprung Disease & Calretinin

Reference: Gonzalo DH, Plesec T. Hirschsprung Disease and Use of Calretinin in Inadequate Rectal Suction Biopsies. Archives of pathology & laboratory medicine. 2013;137(8):1099-102.

Calretinin 염색을 통하여 nerve twig 을 존재 여부를 확인할 수 있고,

follow up 을 통하여 확인하여 보았을 때 correlation 이 된다고 함.

저건 확실이 H&E로는 감별 할 수 없는 크기이네..

2013-08-01